Protein

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Genbank accession
YP_010356983.1 [GenBank]
Protein name
pectate lyase
RBP type
TSP
Evidence DepoScope
Probability 1,00
TSP
Evidence RBPdetect2
Probability 0,91
Protein sequence
MKKTLLILAILATALVSAQKDTTKLVIPTPSNVKDYFNTQTGEDRIDGTAIKNIVADSIKTGTLSEDRLPTTALKTSNVIDNLTSTTIDAPLSANAGKTLKDNLDLKASNEDVEARVKPITLAEYNAMDAATKLNNIGRQIIDPTGVPNSVTLADGSVSTTKIANSAVSEAKLDAAVLTKLDKADTALQEVVNGSITDAKINTDTYRKLYYAVPDGYISPRDYGAVMDGVTDDRDAFAATLAEANTLSKRVYVDSDMFLDVEETGTKSIFIADNTWIEGRDKDVNIITNNNLSPAFQIALTENITIKNITFLHDNTYDATTNTADLTINKTANIAQLKSYLETNKDIVFGSNSPRWSGPTAYRAYFLFSGGNNVLFDNVTIKAKGETADTFVVWAVKFKEEFSENQTVVDDNSPSSIPKDIRFNNLTLDGVLMGIQGIVNDFSANETKSYRYSDMQTLAGTHIGGNVGDNTYFFAPPHLFYLTKDNSSQYDCDNIKITNTIDYGVYVGSENVRATSSGYCNSLKLVGVSSNIYVDNYSSFRRDGLGDIGEVSNSVFKNIYAEGYSDIFDPSFAFNSFRFTGTLNNVLFENVIVKDLADIAEIYPMDYAIGDYVTYNNVNMHVNDLNTANDGTFSIWGSNNTIKNSELNIKNHLSTTTFKGVVFSNTRSTDANNNYNLTINGWRTIDANPTGLISRMLFSSGSNTNKNYAKIIDTNNNAIIEQVNEINTETWTRSEIVDLTSQSGSSILINTRVISGYGIKSAKVVVLSSLDSGVTATLYSGALSEHTLVSNISNSANSINVSNFDPISDEEAVDSRVYLKTSTANFANTGSVKVTLELYRKTLN
Physico‐chemical
properties
protein length:844 AA
molecular weight: 92060,12870 Da
isoelectric point:4,73835
aromaticity:0,08531
hydropathy:-0,25782

Domains

Domains [InterPro]
IPR012334
211–433
IPR012334
IPR011050
216–434
IPR011050
YP_010356983.1
1 844
Legend: Pfam SMART CDD TIGRFAM HAMAP SUPFAM PRINTS Gene3D PANTHER Other

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Cellulophaga phage Ingeline_1
[NCBI] 		2745674 Viruses > Duplodnaviria > Heunggongvirae > Uroviricota > Caudoviricetes
Host No host information

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
YP_010356983.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
NC_062749 [NCBI]
CDS location
range 25701 -> 28235
strand +
CDS
ATGAAAAAAACACTTTTAATATTAGCAATTTTAGCAACAGCATTAGTATCAGCACAAAAAGATACTACAAAACTAGTAATCCCTACACCTAGTAATGTAAAGGATTATTTTAACACGCAAACAGGTGAAGATAGAATAGATGGTACTGCTATAAAAAACATTGTAGCAGATAGTATAAAAACAGGTACTTTATCAGAAGATAGACTACCAACAACAGCTTTAAAAACATCTAATGTAATAGACAACTTAACATCTACAACAATAGATGCACCATTAAGTGCTAATGCAGGTAAAACCTTAAAAGACAACTTAGATTTAAAAGCTAGTAATGAAGATGTAGAAGCGAGGGTTAAGCCTATAACATTAGCGGAATACAACGCAATGGATGCAGCTACTAAGTTAAATAATATAGGACGTCAAATTATAGACCCTACAGGCGTTCCAAATTCTGTAACATTAGCAGATGGTAGTGTTAGTACTACTAAAATTGCTAATAGTGCTGTGAGTGAAGCTAAGTTAGATGCAGCTGTACTTACTAAACTAGATAAAGCAGATACCGCATTGCAAGAGGTGGTTAATGGTAGTATAACAGATGCAAAAATAAATACGGATACATACAGAAAACTATATTACGCTGTACCTGATGGTTATATTTCACCTAGAGATTATGGCGCTGTAATGGATGGTGTAACGGATGATAGGGATGCTTTTGCGGCTACCTTAGCCGAAGCAAATACTTTAAGCAAGCGTGTTTATGTTGATAGTGATATGTTTTTAGATGTAGAAGAAACAGGAACTAAATCGATATTTATAGCAGATAATACATGGATAGAAGGACGTGATAAAGATGTTAATATTATAACTAATAACAACCTTTCTCCAGCTTTTCAAATAGCATTGACGGAAAACATAACAATAAAAAACATTACTTTTTTACATGACAATACTTACGATGCTACAACTAATACTGCTGATTTAACCATAAATAAAACTGCAAACATTGCACAGTTAAAAAGTTATTTAGAAACTAATAAAGATATTGTTTTTGGTTCAAATTCACCTAGATGGAGTGGACCAACAGCATATAGAGCTTATTTTTTATTTTCAGGAGGTAATAATGTTCTGTTTGATAATGTTACTATAAAAGCAAAAGGAGAAACCGCAGATACTTTTGTTGTTTGGGCTGTAAAATTTAAAGAAGAGTTTTCTGAAAATCAAACAGTAGTAGACGATAACAGTCCATCATCAATACCTAAAGATATAAGATTTAATAATTTAACTTTAGATGGGGTATTAATGGGTATTCAAGGCATTGTTAATGATTTTTCAGCAAATGAAACAAAGTCTTACCGATATTCTGATATGCAAACTTTAGCAGGTACACACATAGGTGGAAATGTAGGAGATAATACATATTTCTTTGCACCGCCACACTTGTTTTACCTAACAAAAGATAACTCATCACAGTATGATTGTGATAATATAAAAATAACAAATACAATTGATTACGGAGTTTATGTAGGAAGTGAAAATGTAAGAGCTACGTCTAGTGGATATTGTAATAGTTTAAAATTGGTAGGAGTTTCCAGTAATATTTATGTAGATAATTATTCTAGCTTTAGAAGGGATGGTTTAGGAGATATTGGTGAAGTGAGTAATAGTGTATTTAAAAACATTTACGCAGAGGGTTATTCTGATATATTCGACCCATCTTTTGCATTTAACTCTTTTAGATTTACAGGCACACTTAACAATGTTTTATTTGAAAATGTAATTGTTAAAGATTTAGCAGATATCGCTGAAATATATCCTATGGATTATGCTATTGGTGATTATGTTACTTATAATAATGTTAATATGCACGTTAACGACTTAAACACAGCTAATGATGGTACTTTTTCTATTTGGGGTTCTAATAATACAATTAAAAATTCAGAATTAAATATAAAAAACCACTTATCAACAACAACATTTAAGGGTGTTGTTTTTTCAAATACTAGGTCTACGGATGCTAACAATAATTATAATTTAACCATCAATGGATGGCGGACAATAGACGCTAATCCAACAGGTTTAATTTCAAGAATGTTGTTTTCTTCAGGAAGTAATACAAATAAAAATTACGCAAAAATAATTGACACAAACAACAATGCTATAATAGAGCAAGTAAACGAAATAAATACAGAAACTTGGACTAGAAGCGAAATTGTTGATTTAACATCTCAATCGGGTTCTAGCATATTAATAAATACTAGGGTTATATCTGGATATGGTATTAAATCTGCTAAAGTTGTAGTACTATCTTCTTTAGACTCAGGCGTAACAGCTACTTTATATAGTGGAGCTTTAAGTGAGCATACCCTTGTAAGCAATATAAGTAATTCAGCAAACAGTATTAATGTAAGTAATTTCGACCCTATCTCAGATGAAGAGGCTGTTGATTCAAGGGTTTATCTTAAAACAAGTACAGCAAATTTCGCTAATACAGGAAGTGTTAAGGTGACACTAGAATTATACAGAAAAACTTTAAATTAA

Tertiary structure

PDB ID
bc0bb603ad2ca727c73a9d25c6203a57ec95ee5dabbc6d73a47756e5e7ffea27
ColabFold
Source ColabFold
Method ColabFold
Resolution 0,2609
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
Highly diverse flavobacterial phages as mortality factor during North Sea spring blooms Bartlau,N., Wichels,A., Krohne,G., Adriaenssens,E.M., Heins,A., Fuchs,B.M., Amann,R. and Moraru,C. 2021 — GenBank