Protein

View in Explore
Genbank accession
YP_009134169.1 [GenBank]
Protein name
virion structural protein
RBP type
TSP
Evidence RBPdetect
Probability 0,77
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,70
Protein sequence
MADRFPLIVNAISKKIEEIVAGDNLELTGNGLIISGDTGAGKYLTSDGTTVFWGDPGNVYLTQSQTLTNKTLESSIISGSNNTITNIPNSALINSGITINGSTIALGGTVTTPDNNTTYTIAAVDGASAARKIIRLTSGGNAGSGIDDDITLIAGTNVTLDRSNDDITINSSYVDTDTITTLQSEVGGSAQSGAITIAASGSSTVSQNAGTKTITISSSYIDTITRLRATAGQVFSASDFTFLDGGATTVTQSVDGNGDPTITYSSVDTITRIKGGGAGSFVTGDTTFTGGTNVTVSQAGNIITVDSVDTNTVTRLSSGSNAVVSGDFNFTSSGATSLTQTTVGGVTTINISSANDDTGASLQASGGLILQGTNFRLKNYNTFSGNTLMKWDSGNDQLTDSIITDNGSTVTITGDLVVEGTQTILNVSTLQVEDNDIELRKGNNLTGTNGGITLNRTTDSSGNITSYVALQWNESVGYWRSWDGSVEKRFVTEGETQILTNKTLTSPTLTAPVLGSATATSINGLVISSTASATLDIASSKTLDVDRDLSLTSDNNSASINVNFRQGGNVAYTSDTLASFSSTTSTQIRGLITDTTGTGRLVFQDSPTFLTSLNTTSTGFTLFNSSVTNITAFGAAGIITMGQSGGTMTVNQSLVVNEDLTVGTGISDTITFNGTVNSENADILIRGTATDPMSVGRGGGAVNTNTRVGVSALQSNTSGSQNTALGYQALFTNNSGAANTAVGNRALRANGVGSNNIGIGRDVLLVNLEGSKNVAMGNNALESNTSGDSNVCIGHYAGFDVLGSGNVLIGPAYNENSGDVTFRPPSVSGDNQLVIGSGGQAWVRGDSNFDVTFNNDVTVDQDVIVKGNLTVNGIQTIVKSNIVQITDKNIELASIVSTQFVASATDGTADITSINPTAGLIPGMEVTTSTAGFTVPSNTIIVSISGNTATLSNNISGNGQITLTAIGPSDSAAEDGGIIVKGSTDKSILWKGSDAGVTYNSWVSSEHFDLASGKYLSLDAIRIADPNTSTIGPNNGTTTGLIDVTGGSNGYNLGSAVVGAAATSFNFTGTGEITLPNGDTAQRNSSPLNGMLRYNGQTNVFEGYSNGAWGSIGGNVAISSPAPSNSVEGDLWYDSDDGRLFVYYNDGVTTQWVDASPNGVPTDLIIEGTTELRGTATTRAILPDADDTYDLGSATKRWANIYSADLQLSNEGGANDVDGTWGQYTIQEGEHDLFLINRRSGKKYKFNLTEVN
Physico‐chemical
properties
protein length:1252 AA
molecular weight: 128860,08180 Da
isoelectric point:4,22458
aromaticity:0,05751
hydropathy:-0,13211

Tail Spike Domain Segmentation

Segmented into three structural domains: N-terminal, central, and C-terminal.

Domain layout
YP_009134169.1
1 1252 aa
Domain Start End Length (AA) Confidence
N-terminal 1 693 693 0,4979
Central domain 694 916 224 0,7438
C-terminal 917 1252 335 0,4027
N-terminal Central domain C-terminal

View these domains on the 3D structure via the Color by → Tail spike option in the Tertiary structure section below.

Taxonomy

Phage
Synechococcus phage ACG-2014j [NCBI] · taxon 1493514
Uroviricota Caudoviricetes Pantevenvirales Potamoivirus Potamoivirus tusconj
Host
Synechococcus sp. WH 7803 [NCBI] · taxon 32051
Bacteria Cyanobacteria Oscillatoriophycideae Chroococcales Synechococcus

Coding sequence (CDS)

Genbank protein accession
YP_009134169.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
NC_026926 [NCBI]
CDS location
range 166965 -> 170723
strand +
CDS
ATGGCTGACCGCTTTCCGTTAATTGTTAATGCAATTTCAAAGAAGATTGAAGAAATTGTAGCAGGAGACAATTTAGAACTAACTGGTAATGGTCTTATTATCAGTGGTGATACTGGTGCTGGCAAGTATTTAACGAGTGATGGAACTACCGTTTTCTGGGGAGATCCTGGCAATGTTTACCTTACACAATCACAAACATTAACTAATAAAACTCTTGAATCTAGTATTATTTCTGGATCGAATAATACTATTACAAACATTCCTAATAGTGCTCTTATTAATTCTGGAATTACGATTAACGGATCTACTATTGCTCTTGGTGGAACTGTAACAACTCCTGATAATAACACTACTTATACTATTGCTGCTGTAGATGGAGCTTCTGCTGCGAGAAAAATTATTCGTTTGACATCAGGTGGCAATGCTGGTTCTGGAATTGACGATGATATTACTTTAATTGCTGGAACTAATGTAACTTTAGATAGATCTAATGATGATATTACAATCAACTCCTCATATGTAGATACTGATACTATCACTACATTACAATCTGAAGTTGGTGGTTCTGCTCAAAGTGGAGCAATCACAATTGCTGCCAGTGGATCTTCCACAGTATCTCAAAATGCTGGAACAAAAACTATAACGATTAGTTCTTCGTACATTGATACTATTACAAGACTCAGAGCAACTGCAGGTCAAGTATTTTCTGCATCTGACTTTACCTTTCTTGATGGTGGCGCAACCACAGTAACTCAGAGTGTAGATGGTAATGGTGATCCTACTATTACGTATAGTTCTGTTGATACGATTACTCGAATTAAAGGTGGTGGTGCCGGATCATTTGTAACTGGCGACACTACATTTACTGGTGGAACAAATGTAACAGTATCTCAAGCAGGTAATATAATTACCGTTGATTCTGTAGACACAAACACTGTAACTAGATTGTCTAGTGGTAGCAATGCAGTTGTTTCTGGAGATTTTAACTTCACATCTTCTGGAGCAACATCACTAACTCAAACAACAGTAGGTGGTGTCACTACTATCAATATTAGTTCTGCTAACGATGACACGGGTGCATCTCTACAAGCATCGGGTGGTTTGATACTTCAAGGCACTAACTTTAGACTAAAGAACTACAATACTTTCAGTGGTAACACTTTAATGAAGTGGGACTCTGGTAATGACCAGTTAACAGATAGTATTATTACTGATAATGGATCTACTGTTACGATTACCGGCGATTTAGTTGTTGAAGGAACACAAACTATTTTAAACGTTTCTACCTTACAGGTTGAAGATAATGATATTGAACTTAGAAAGGGTAATAACTTAACTGGAACGAATGGTGGTATTACTCTTAATAGGACCACTGATTCGTCTGGAAATATAACTTCATACGTTGCTTTACAATGGAACGAGTCTGTTGGATACTGGAGATCATGGGATGGTTCAGTAGAGAAAAGATTTGTTACTGAAGGTGAGACGCAAATTCTAACTAACAAAACTCTTACATCTCCTACTTTAACTGCTCCTGTTCTTGGATCCGCAACAGCAACGTCAATTAATGGTCTTGTAATTTCTTCTACTGCATCAGCAACTTTAGATATTGCATCATCAAAAACTTTAGATGTTGATAGGGACCTGTCATTAACTTCTGATAATAATAGTGCATCTATCAACGTAAACTTTAGACAAGGTGGAAACGTTGCTTATACATCAGATACTCTAGCATCATTTTCTTCTACAACATCAACTCAAATACGTGGTCTGATTACTGACACTACAGGTACAGGACGTTTAGTATTTCAAGATTCTCCAACATTCTTAACATCATTAAACACTACATCTACTGGTTTCACACTGTTTAATTCTAGTGTTACTAATATAACAGCATTTGGTGCTGCTGGCATTATTACTATGGGTCAATCTGGCGGCACGATGACCGTCAATCAAAGTTTAGTGGTTAATGAAGATCTAACAGTCGGCACTGGTATTTCAGATACTATTACGTTTAACGGCACTGTTAATTCTGAAAATGCTGACATTTTAATTAGAGGAACTGCCACTGATCCTATGAGTGTTGGTCGTGGTGGTGGAGCAGTTAACACAAACACGAGAGTTGGTGTTAGTGCTTTACAAAGTAATACTTCTGGATCTCAAAATACTGCACTGGGATATCAAGCATTATTCACAAACAATTCTGGCGCAGCGAACACGGCTGTCGGTAATAGAGCACTTCGTGCGAATGGTGTTGGTAGTAATAATATTGGTATCGGTAGGGATGTATTACTGGTAAACTTAGAGGGAAGTAAGAATGTTGCCATGGGCAACAACGCACTTGAAAGTAATACTAGTGGAGATTCTAACGTTTGTATTGGACACTATGCTGGTTTTGATGTACTTGGAAGTGGAAACGTTTTAATTGGACCAGCTTATAACGAGAACTCTGGTGATGTAACCTTCCGTCCTCCTAGTGTCTCTGGAGATAATCAATTAGTAATTGGATCTGGTGGACAAGCATGGGTTCGTGGCGATTCTAATTTTGATGTCACGTTTAATAATGATGTGACTGTTGATCAAGATGTTATAGTTAAAGGAAACTTAACTGTTAATGGAATACAAACTATAGTTAAATCAAACATAGTACAAATAACTGATAAAAATATTGAACTTGCTTCCATTGTAAGTACTCAGTTTGTCGCATCTGCCACTGATGGAACTGCTGATATCACGTCAATCAATCCCACTGCTGGTTTGATTCCTGGAATGGAAGTCACAACTAGTACTGCTGGATTTACAGTTCCATCTAACACAATTATCGTTAGTATTTCTGGGAATACTGCTACTCTCTCAAATAATATTTCTGGTAATGGACAGATTACATTAACTGCTATTGGTCCTTCTGATTCTGCTGCAGAAGATGGTGGTATTATTGTTAAAGGATCTACTGATAAATCTATTCTTTGGAAAGGATCTGATGCTGGAGTAACATATAATAGTTGGGTATCTTCGGAGCACTTTGATCTTGCTAGTGGAAAGTATTTGTCATTGGACGCAATCAGAATTGCTGATCCAAATACATCAACAATTGGACCTAACAATGGAACTACTACAGGTCTTATTGATGTTACTGGTGGTAGCAACGGATATAATTTAGGTAGTGCAGTTGTTGGTGCTGCTGCTACATCATTTAACTTTACAGGAACGGGGGAAATTACGCTCCCTAATGGTGATACTGCTCAACGTAATAGCAGTCCTTTGAATGGTATGCTTAGATACAATGGTCAAACTAATGTATTTGAAGGATATTCAAACGGTGCATGGGGATCAATTGGTGGTAATGTAGCAATTTCAAGTCCTGCTCCTTCTAATTCTGTGGAAGGAGATCTCTGGTATGATTCTGATGATGGTCGTTTGTTTGTATACTATAACGACGGAGTTACAACTCAGTGGGTAGATGCTTCACCAAACGGAGTTCCTACTGATCTAATTATTGAGGGAACTACAGAACTTAGAGGAACTGCTACTACAAGAGCAATACTTCCCGATGCTGATGATACTTACGATCTAGGTTCAGCAACTAAGCGTTGGGCAAACATCTACTCTGCTGACCTTCAACTATCTAACGAGGGTGGTGCTAATGATGTTGATGGAACTTGGGGTCAGTACACAATTCAAGAAGGTGAGCATGACCTCTTCCTAATCAACAGAAGATCTGGTAAGAAGTATAAGTTCAACCTTACGGAGGTCAACTGA

Genome Context

Tertiary structure

YP_009134169.1
ColabFold structure
Source ColabFold
pLDDT 27.3
Oligomeric state monomer
Download structure

Literature

Title Authors Date PMID Source
Ecological redundancy of diverse viral populations within a natural community Gregory,A.C., LaButti,K., Copeland,A., Woyke,T. and Sullivan,M.B. 2015-03-20 — GenBank