Protein
View in Explore- Genbank accession
- AGN12240.1 [GenBank]
- Protein name
- tail fiber protein
- RBP type
-
TFTSPTF
- Protein sequence
-
MPLNKLENFIKNSEGRILYVNPNDLDATDGIENQGNSLTKPFKTLQRALIESARFSYLRGNDNDLVEKTTILLFPGEHLIDNRPGFGIKSVSGTATAISPSSAESGAQNTLTLTLNSNFDLTQEDNILYKFNSTEGGVIVPRGTSIVGLDLRKTKVRPKYVPNPTDDNVKSTAIFRVTGACYFWQFSIFDGDESTTVYTDPTNFSSSNRSKPVFSHHKVTCFAYADGVNKLDQFDGLTDLDVYYSKLSNAYNRASIRDIDEKYPATPGGFSKQRPEYEIVGAFNSDRLQVTSIISGDGATPGQVVTVTTSVPHELTGGTPIKIEGVNELTYNISTKVSSVLSDTQFTYLLPYVPPNLKAGPAGGLSAGSAEVSVEVDTVTGASPYIFNCSLRSVYGMQGMNADGAKATGFRSMVVAQFTGISLQKDDRAFVKYNKNSRSYDGISYQRQTGELLSSESSSLNAATVYHLDKDAVYRDGWKTAHITIQNDAILQIVSVFAIGYHIHFLGKSGGDASITNSNSNFGQFALAADGFKKESFDKDNKGFISAIIAPKAVVSTEANIELNQLDTSVHTAYKTADTSTNKILSRSKLFLLGQTNENLVPSEIAQGYRIGARVGEKFYIDLANGTKVQATICMSNKEIVGGNASTVTSSVQVTSEKEYEGTHNDTTQGSASIEHKIVLNNLRSIGAKHDLNNGESIRIIAEDADLPEGLDPHRIYYAITNEKNSSRQDGISLDDYTIQIASSKTNADRTTPQYIKTVSNPAAGKLKIISRVSDKKPGDLGHPMQFDSTVTVQLEGGGTSTGNWFIHVDGTSDNTAATYNTVWDNFANLDADDEDIPYIQRLNDSRSLDDKLYKFRYVIPKELENARDPNDSFIIQDSSSTNVRALADFTRTSLEAKDYDFNRNTRFISYLDYNSTTKIVTIRSDKSHNLNAGEQIILKNIICTVNASGAADKGYNGTFLVNSIINDKVFTYKTTDILGNVHNVGTYGNDTHTRTLSLPRFERNNNQENLFIYRTETILPYVEGAQDGVYHMYVLNGSNTIEEEFAAGKYNQNVVNLYPELDRDNVNDNPQEASSYAKRFPIGDVVTNDLKKSITRETANKLINSFGVANTISDVTDNTTSAVLTLTREHDLGGLKYGGTLAGGGGHTDGTYYNVKLFDDASAPASAVWKGATAKVVVSGGAVTEYEITEPGSAYKSTLSPLYFDSSLVAQGGIGGAPSSNIAITDANISLANSGYVQVTGISTGTDQYFRVNDATDINKININKTASETILNGQTVVSVGPIVEVSTSSGTDTTTFNCSTAHGLLKGNRFRVLNASDANLGDFIVTEVVDVDSFTALTPGGLTSPKYILKHGLSANDGNSGKQGESLGVRGVAFYDNESLVLNDTITSVTDEIKVTLPGGGTTAASIQARFPLGSFIQVDSEIMRVVDETIGSGTTLKVIRGALGTIVDNHVLNSQIKKIKPLSVELRRPSILRASGHTFEYLGYGPGNYSTGLPQVQLKSLTEREEFLSQSQETSCGTVVYTGMNDKGDFYIGNTKISSDSGEQITFDIPIPTVTGEDPSTLSVVFDEVIIKDRLLVEGGSSNTILSQFNGPVTFNGNVRFNKDLKVATNLTVDGIVKFNNETVASSTCGVTPTGSLVVKGGVSIGDKVSASGAVSLNVLDGIVRICENAASTSSTTGALIVGGGVGIAGQLSLGGVLDVTGSINAGGGLHLPDNVKLTAGGTTSGPYFSIEHDVVGGVRNNIIKDESLSNIYLRSDANIEIGNKDGTEQGLIYTAGAGIKLRHGTTLRFETNTSGAKVHGALEVTDDITAYSTSDARLKNDVKPIQDSLAKVNSISGNTFTWNEASKKEGQEDTGVIAQEISAIGLPGTVTIREDGTYAVDYEKLVPLLLEAIKELSNKVDTLS
- Physico‐chemical
properties -
protein length: 1908 AA molecular weight: 204892,13440 Da isoelectric point: 5,12491 aromaticity: 0,07495 hydropathy: -0,28464
Domains
Domains [InterPro]
DC_0066
STR
1–1908
STR
1–1908
IPR030392
CHP
1818–1874
CHP
1818–1874
IPR030392
CHP
1818–1908
CHP
1818–1908
1
1908
Architecture
STR 1-1908
Legend:
ATT
STR
RBD
CBM
LEC
ENZ
CHP
LNK
TAS
TTP
UNK
Unmapped
Tail Spike Domain Segmentation
Tail Spike Domain Segmentation
This protein has been segmented into three structural domains: N-terminal, central domain, and C-terminal.
Domain Layout
1
1908
| Domain | Start | End | Length (AA) | Confidence |
|---|---|---|---|---|
| N-terminal | 1 | 67 | 67 | 0,9812 |
| Central domain | 68 | 297 | 231 | 0,9418 |
| C-terminal | 298 | 1908 | 1610 | 0,2726 |
Note: Constraints were applied during segmentation.
Fixed 4 C-terminal predictions appearing before Central domain
Fixed 4 C-terminal predictions appearing before Central domain
Legend:
N-terminal
Central domain
C-terminal
3D Structure with Domain Coloring
The structure is colored according to the domain segmentation: N-terminal (blue), Central (green), C-terminal (pink).
Domain Coloring
N-terminal
1-67
1-67
Central
68-297
68-297
C-terminal
298-1908
298-1908
Taxonomy
| Name | Taxonomy ID | Lineage | |
|---|---|---|---|
| Phage |
Prochlorococcus phage P-SSM5 [NCBI] |
536454 | Viruses > Duplodnaviria > Heunggongvirae > Uroviricota > Caudoviricetes |
| Host | No host information | ||
Coding sequence (CDS)
Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
AGN12240.1
[NCBI]
Genbank nucleotide accession
HQ632825.1
[NCBI]
CDS location
range 52719 -> 58445
strand -
strand -
CDS
ATGCCACTTAATAAGTTAGAGAATTTCATAAAGAATAGTGAGGGTCGCATTCTTTATGTTAATCCAAATGATCTTGATGCCACTGATGGAATAGAAAATCAGGGTAACTCATTAACAAAACCATTTAAGACCTTACAAAGAGCACTTATCGAATCCGCTAGATTTTCATATCTAAGGGGAAATGATAATGATTTAGTAGAGAAGACAACAATATTACTGTTTCCAGGTGAACACTTAATAGATAACCGTCCAGGTTTTGGTATAAAAAGTGTTAGTGGAACTGCTACTGCTATTAGTCCAAGTAGTGCAGAATCAGGTGCTCAAAATACACTTACATTAACTCTTAATTCTAACTTTGATTTAACGCAAGAAGATAATATACTTTATAAGTTCAATAGTACTGAAGGTGGTGTTATAGTTCCTAGAGGAACTTCTATTGTTGGATTAGACCTAAGAAAAACAAAGGTTCGTCCTAAGTATGTTCCAAATCCTACTGATGATAATGTAAAATCTACTGCTATCTTTAGGGTTACTGGTGCTTGTTATTTCTGGCAGTTCTCTATTTTTGATGGGGATGAATCTACAACAGTATATACAGACCCTACTAACTTTAGTAGTAGTAACAGATCAAAACCAGTATTCTCTCATCATAAGGTAACTTGCTTTGCGTATGCTGATGGTGTTAATAAGTTAGATCAATTTGATGGATTGACTGATCTAGATGTCTATTATAGTAAATTATCAAATGCATATAATAGAGCATCGATTAGAGATATTGATGAAAAGTATCCTGCTACTCCAGGTGGATTTTCAAAGCAAAGACCTGAGTATGAAATAGTTGGTGCATTTAATTCTGATAGACTTCAAGTTACAAGTATTATTTCAGGTGATGGTGCAACACCAGGTCAGGTTGTTACTGTAACTACATCTGTTCCTCATGAACTGACTGGTGGCACACCAATTAAGATTGAAGGTGTAAATGAATTAACTTATAATATTTCAACTAAAGTTAGTAGTGTTTTAAGTGATACTCAATTTACATATTTACTTCCATATGTTCCACCTAATCTAAAAGCTGGTCCTGCTGGTGGATTAAGTGCTGGTAGTGCAGAAGTAAGTGTAGAAGTTGATACTGTTACTGGTGCATCTCCTTATATCTTTAACTGTTCATTAAGATCAGTTTATGGTATGCAGGGTATGAACGCTGATGGTGCTAAGGCAACTGGATTTAGATCTATGGTTGTTGCTCAGTTTACTGGTATATCACTACAGAAAGATGATCGTGCATTTGTAAAATATAATAAGAATAGTAGATCTTATGATGGTATTAGTTATCAGAGACAAACTGGTGAATTGCTATCATCAGAATCATCATCTTTAAATGCTGCTACTGTCTATCACTTAGATAAAGATGCTGTTTATAGGGATGGGTGGAAGACAGCACATATTACAATTCAGAATGATGCAATCTTACAGATTGTTTCTGTGTTCGCTATTGGTTATCATATTCATTTCTTAGGTAAATCTGGTGGTGACGCATCGATTACAAACTCTAACTCTAACTTCGGTCAGTTTGCTCTTGCTGCTGATGGATTTAAGAAAGAATCCTTTGATAAAGATAATAAAGGATTTATATCTGCTATTATCGCACCTAAAGCAGTTGTCAGTACAGAGGCTAATATTGAGTTGAATCAGCTTGATACTTCCGTTCATACTGCATATAAAACTGCTGATACTTCAACAAATAAGATTCTTAGTAGAAGTAAGTTATTCTTATTAGGTCAAACTAATGAGAACTTAGTACCATCTGAAATTGCACAGGGATATAGAATCGGTGCGAGAGTTGGTGAGAAGTTTTATATAGATTTAGCAAATGGAACTAAGGTTCAGGCTACCATTTGTATGTCCAATAAGGAAATTGTTGGTGGCAATGCTTCAACAGTAACTTCATCTGTACAAGTTACTTCAGAGAAGGAGTATGAAGGTACTCATAATGATACTACTCAAGGAAGTGCATCTATAGAACATAAGATAGTTCTTAATAATTTACGCTCTATTGGTGCTAAACATGATCTTAATAATGGTGAGTCTATAAGAATTATTGCTGAAGATGCTGACTTACCAGAAGGTTTAGATCCTCATAGAATTTATTATGCGATTACTAATGAGAAAAACTCTTCAAGACAAGATGGTATTAGTTTAGATGATTATACAATCCAGATTGCATCATCAAAAACTAACGCTGATAGAACTACACCACAATATATTAAGACTGTTTCTAATCCTGCTGCTGGTAAATTAAAAATTATTAGTAGAGTTTCTGATAAAAAACCAGGTGACTTAGGACACCCAATGCAGTTTGATTCCACAGTAACAGTTCAACTAGAAGGTGGTGGTACTTCAACAGGTAACTGGTTTATTCATGTTGATGGTACTTCTGATAATACTGCTGCAACTTATAATACTGTATGGGATAATTTTGCTAATCTAGATGCTGATGATGAGGATATTCCTTACATCCAAAGATTAAATGATAGTAGAAGTTTAGATGATAAACTCTATAAGTTTAGATATGTAATTCCAAAAGAATTAGAAAATGCTAGAGACCCTAACGATAGTTTCATCATTCAAGATTCTAGTTCTACTAATGTAAGAGCATTAGCAGATTTTACTAGAACCTCTCTAGAGGCAAAAGATTATGATTTTAATAGGAATACACGATTTATTTCTTATCTTGATTACAATAGTACTACTAAGATAGTTACTATTAGATCTGATAAGTCACATAACTTAAATGCTGGTGAACAAATTATCCTTAAGAATATAATTTGTACTGTTAATGCTAGTGGTGCAGCAGATAAAGGATATAATGGAACATTCTTAGTTAATAGTATTATTAACGATAAAGTTTTTACCTATAAGACAACTGATATTTTAGGTAATGTTCATAATGTAGGAACTTATGGTAATGATACCCATACTAGGACTCTTTCATTACCTAGATTTGAGAGGAATAATAACCAAGAAAACTTATTCATCTATAGAACCGAAACAATTTTACCGTATGTTGAGGGAGCACAAGACGGTGTTTACCATATGTACGTTCTGAATGGTAGTAATACTATAGAAGAAGAATTTGCTGCTGGTAAGTACAATCAAAATGTTGTTAATCTTTATCCAGAATTAGATCGAGATAATGTAAATGACAATCCACAGGAAGCATCTAGTTACGCTAAGAGATTCCCTATTGGTGATGTAGTTACTAATGATCTTAAGAAGAGTATCACTAGAGAAACTGCCAATAAACTAATTAATAGTTTTGGTGTTGCAAATACAATTAGTGATGTAACTGATAATACTACTTCTGCTGTTCTAACACTTACAAGAGAACATGATCTCGGTGGTTTGAAGTATGGTGGAACATTAGCAGGTGGAGGTGGACATACTGATGGAACTTACTATAACGTAAAATTATTTGATGATGCTTCTGCTCCTGCTTCTGCTGTATGGAAAGGTGCTACTGCTAAAGTTGTTGTTAGTGGTGGAGCAGTTACCGAGTATGAGATAACTGAACCAGGATCAGCATATAAGAGTACATTATCCCCACTATACTTTGACTCTTCATTAGTAGCTCAAGGTGGTATTGGTGGAGCTCCTAGTTCTAATATTGCTATTACTGATGCAAACATTAGTTTAGCAAATAGCGGATATGTTCAAGTAACTGGTATTAGTACAGGAACAGATCAATACTTCAGGGTTAATGATGCTACGGATATTAATAAAATCAATATTAATAAGACTGCAAGTGAAACAATTCTGAATGGTCAAACTGTTGTTAGTGTAGGACCTATTGTTGAAGTTAGTACTTCTAGTGGAACTGATACAACTACATTTAATTGTAGTACAGCACACGGATTACTTAAAGGAAATCGTTTCAGAGTATTAAATGCTTCTGATGCTAATCTTGGAGACTTTATTGTTACTGAAGTTGTGGATGTAGATAGTTTTACTGCATTAACTCCAGGTGGATTAACATCTCCTAAGTATATTCTTAAGCATGGATTATCTGCTAATGATGGTAACTCTGGTAAGCAAGGTGAAAGTTTAGGAGTAAGAGGAGTTGCTTTCTATGATAATGAATCTCTAGTTCTGAATGATACTATTACTTCAGTTACGGATGAAATTAAAGTTACTCTACCTGGTGGAGGTACGACTGCTGCATCTATTCAGGCAAGATTCCCATTAGGTTCATTCATTCAAGTTGATAGTGAAATAATGAGAGTTGTTGATGAAACTATTGGTAGTGGAACAACACTTAAAGTTATTCGTGGTGCATTAGGTACTATTGTTGATAACCACGTTCTTAATTCTCAGATTAAGAAGATTAAACCTCTTTCTGTTGAACTAAGAAGACCATCTATTCTAAGAGCATCTGGTCATACATTTGAATACCTTGGTTATGGTCCAGGTAACTATTCAACTGGTTTACCTCAAGTTCAACTTAAATCTCTAACTGAGAGAGAAGAGTTCTTATCACAATCACAAGAAACTTCTTGTGGTACTGTTGTTTACACAGGTATGAATGATAAGGGTGATTTCTATATTGGAAACACTAAGATTTCATCTGACTCTGGTGAACAGATAACATTTGATATTCCAATTCCAACTGTAACAGGTGAAGATCCAAGTACGCTTAGTGTTGTATTTGATGAAGTAATCATTAAAGATAGACTACTTGTTGAGGGTGGAAGTTCTAATACAATTCTATCTCAGTTTAATGGACCTGTAACATTCAACGGTAATGTAAGATTCAACAAGGATCTTAAAGTTGCAACCAACTTAACTGTTGATGGTATAGTTAAATTTAATAATGAAACAGTAGCATCATCTACTTGTGGTGTGACTCCTACAGGATCATTAGTGGTTAAAGGTGGAGTTTCTATTGGTGATAAGGTAAGTGCTTCTGGTGCAGTATCCTTAAATGTACTAGATGGTATTGTTAGAATTTGTGAAAATGCTGCATCAACTAGTTCTACTACAGGTGCTTTAATAGTTGGTGGTGGTGTTGGTATTGCTGGTCAACTTTCTCTTGGTGGTGTTTTAGATGTTACTGGCAGCATAAATGCTGGTGGTGGTTTACATTTACCTGATAATGTTAAATTAACTGCTGGTGGAACTACTTCTGGACCATATTTCTCTATTGAACATGATGTTGTTGGTGGTGTTCGCAATAATATTATTAAAGATGAATCACTCTCTAACATATACTTGCGAAGTGATGCGAATATTGAAATAGGTAATAAGGATGGCACAGAGCAAGGTTTAATTTATACTGCTGGAGCAGGTATTAAATTACGTCATGGCACTACCTTAAGGTTTGAGACTAATACTTCTGGTGCTAAAGTTCATGGTGCTTTAGAAGTAACTGATGATATTACTGCATACTCAACTTCTGATGCAAGATTGAAGAATGATGTTAAACCAATACAAGATTCTCTTGCTAAGGTTAATTCAATTTCAGGTAATACCTTTACTTGGAATGAGGCATCTAAGAAAGAGGGACAGGAAGATACTGGTGTGATCGCACAAGAAATTTCTGCTATCGGATTACCTGGCACAGTAACCATCAGAGAAGATGGAACCTATGCTGTTGATTATGAGAAGTTAGTTCCACTTCTATTGGAAGCAATCAAGGAATTATCTAATAAGGTTGATACTTTATCATAA
Genome Context
Genome Context
Tertiary structure
PDB ID
5541fadf3975e45bd7f582704febd14e4a0dd0140c2f5d9955a013471b3ee05e
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50
pLDDT < 50
Literature
| Title | Authors | Date | PMID | Source |
|---|---|---|---|---|
| The Genome Sequence of Prochlorococcus phage P-SSM5 | Henn,M.R., Sullivan,M.S., Osburne,M.S., Levin,J., Malboeuf,C., Casali,M., Russ,C., Lennon,N., Chapman,S.B., Erlich,R., Young,S.K., Yandava,C., Zeng,Q., Alvarado,L., Anderson,S., Berlin,A., Chen,Z., Freedman,E., Gellesch,M., Goldberg,J., Green,L., Griggs,A., Gujja,S., Heilman,E.R., Heiman,D., Hollinger,A., Howarth,C., Larson,L., Mehta,T., Pearson,M., Roberts,A., Ryan,E., Saif,S., Shea,T., Shenoy,N., Sisk,P., Stolte,C., Sykes,S., White,J., Yu,Q., Coleman,M.L., Huang,K.H., Weigele,P.R., DeFrancesco,A.S., Kern,S.E., Thompson,L.R., Fu,R., Hombeck,B., Chisholm,S.W., Haas,B., Nusbaum,C. and Birren,B. | 2011-09-23 | — | GenBank |