Protein

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Genbank accession
AIX31072.1 [GenBank]
Protein name
collagen triple helix repeat protein
RBP type
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,87
Protein sequence
MASIQFPANPKVGDTYYDVDTNITYTWEGEYWFATGPGTGIGATGATGAQGNQGSSGEKGEPGTRGIKGDTGSTGSTGPTGPGGFIGLTGATGPQGSPGGATGATGNIGPLGTTGATGPDGASGATGIQGPIGTPGGATGATGLAGPPGNVGATGPLGPNGTPGGATGPLGPVGSTGATGAGATGSDGATGSTGIQGLQGSPGGATGATGIDGLLGPIGATGTTGATGVDGPIGATGTTGATGETGDTGSTGAAGPTGIPGATGFTGPEGATGSKGDEGSTGSTGPQGSPGGATGATGVDGPVGSTGATAATGATGPDGPTGPAGPTGLLGATGATGDDGSTGATGATGFGATGADGATGSTGSTGPDGPLGSTGATGIAGGVSHVWSPDVSILTANNSFLFTHDVDEDIKILKISKFSSTFTNEEALLNSFAIGDSLRLTSGPATFQYTVRANGGLTVSSDVDVFMLLVSDGFLASGSGTLNGSTVVLQRPTSSTFATFNFGVSTINWPTTDGDVTIDYPFLVNNGPRYVAFNQKDLLGRDDEQFFFEPLVSTDLNSFQFQVKTTNFFKSEIEGGYYYSDIDAYVYLTDITELYSDPSNPVTSVGSPWNVQVVGIASAIPGVAGSPGGATGATGPAGPPSGATGATGDLGPIGPGGPTGPVGVNGSPGSPGGATGATGADGPEGATGSTGATGAFVTGSNLVAGIITATTFDGDATSADKIKTNRSTSAAVNYLTFVADDNSGGAVSETLKTNLNVSFIPSSGDFIASRITASNNFYLGGTEVNSSASELNVLVGVTDFLDEDNMASDSPTAIPSQQSVKRYVDANAFSGITTVSILVGAGSSDVYFASSIVPTTNESIDLGSIDYKFRDLYLSDTTIYTNTGELSVGLNTTAPTAKVVLGPALQTIVQQSTDFDDFKIRIAAQSWGG
Physico‐chemical
properties
protein length:929 AA
molecular weight: 89731,00400 Da
isoelectric point:4,05003
aromaticity:0,06781
hydropathy:-0,09429

Domains

Domains [InterPro]
IPR050938
42–381
IPR050938
IPR008160
42–99
IPR008160 IPR008160 IPR008160
AIX31072.1
1 929
Legend: Pfam SMART CDD TIGRFAM HAMAP SUPFAM PRINTS Gene3D PANTHER Other

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Synechococcus phage ACG-2014f
[NCBI] 		1493511 Viruses > Duplodnaviria > Heunggongvirae > Uroviricota > Caudoviricetes
Host Synechococcus sp. WH 7803
[NCBI] 		32051 Bacteria > Cyanobacteria > Oscillatoriophycideae > Chroococcales > Synechococcus >

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
AIX31072.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
KJ019099 [NCBI]
CDS location
range 13508 -> 16297
strand +
CDS
ATGGCAAGCATTCAATTCCCAGCAAATCCGAAAGTTGGTGATACTTACTACGACGTAGATACAAATATAACTTACACCTGGGAGGGTGAATACTGGTTTGCAACAGGACCAGGCACAGGTATTGGTGCCACTGGAGCAACTGGAGCACAAGGAAATCAAGGTTCTAGTGGTGAAAAGGGTGAGCCAGGAACTCGCGGAATTAAAGGAGATACTGGATCTACTGGTTCTACCGGTCCCACAGGTCCTGGTGGTTTTATTGGATTAACAGGTGCAACTGGTCCTCAAGGTTCTCCCGGTGGTGCTACCGGTGCTACAGGTAATATTGGTCCTTTAGGAACTACTGGTGCAACTGGTCCTGATGGTGCTAGTGGTGCTACAGGTATTCAGGGTCCTATTGGTACTCCAGGTGGTGCAACTGGCGCTACTGGTTTAGCTGGTCCTCCAGGAAATGTTGGTGCTACTGGTCCTCTCGGTCCTAATGGTACTCCAGGTGGTGCTACTGGTCCTCTTGGTCCTGTTGGTTCTACTGGAGCCACTGGTGCTGGTGCTACTGGCTCTGATGGTGCTACTGGTTCTACAGGTATTCAGGGACTACAAGGTTCCCCAGGTGGTGCAACTGGTGCTACTGGTATTGATGGTTTACTAGGTCCTATTGGTGCCACAGGTACTACAGGAGCTACCGGTGTTGATGGTCCTATTGGTGCCACAGGTACTACAGGTGCCACAGGTGAGACAGGTGATACAGGTTCAACCGGTGCTGCTGGTCCTACCGGTATTCCTGGAGCCACTGGATTTACTGGTCCCGAAGGTGCTACGGGTTCCAAAGGTGATGAAGGTTCTACAGGTAGTACAGGTCCTCAAGGTTCTCCAGGTGGTGCCACTGGTGCTACTGGTGTTGATGGTCCTGTAGGTTCTACAGGTGCCACAGCTGCTACTGGTGCAACTGGTCCTGACGGTCCTACTGGTCCCGCAGGTCCTACAGGTTTATTAGGTGCCACTGGTGCTACTGGTGATGATGGTTCTACCGGAGCCACTGGTGCTACTGGTTTTGGTGCTACAGGTGCTGATGGTGCTACTGGTTCTACAGGTTCTACAGGTCCTGATGGTCCTCTTGGTTCTACTGGTGCCACTGGTATTGCAGGTGGTGTGAGTCATGTATGGTCACCAGATGTTTCTATCCTAACTGCCAACAACTCTTTCCTATTCACCCACGATGTAGACGAAGATATTAAGATCCTAAAGATCTCCAAGTTTAGTTCAACATTCACCAATGAGGAGGCACTACTTAATAGTTTTGCAATCGGTGATTCACTTAGACTAACATCAGGTCCAGCAACATTCCAATATACTGTTAGAGCCAATGGTGGACTCACAGTATCATCTGATGTTGACGTGTTTATGTTACTCGTCAGTGATGGTTTCTTAGCATCTGGTAGTGGAACACTCAATGGTTCAACAGTTGTTCTTCAACGTCCCACATCATCCACCTTCGCTACATTTAACTTCGGTGTATCCACTATCAACTGGCCTACTACTGATGGTGATGTAACTATTGACTATCCATTCCTAGTAAACAATGGTCCTAGGTATGTTGCATTCAATCAGAAGGATCTACTAGGTAGGGATGATGAGCAGTTCTTCTTTGAACCTTTAGTATCTACAGACCTAAACTCATTCCAGTTCCAGGTTAAGACTACTAACTTCTTCAAATCAGAAATTGAAGGTGGTTACTACTATAGTGATATTGATGCCTATGTGTATCTAACTGATATCACCGAACTATATTCAGATCCAAGTAATCCAGTAACCAGTGTAGGTTCACCTTGGAATGTTCAGGTTGTAGGTATTGCCTCCGCCATTCCTGGTGTTGCTGGTTCTCCAGGTGGTGCAACCGGTGCTACTGGTCCTGCTGGTCCTCCAAGTGGTGCAACTGGTGCTACAGGTGATCTTGGTCCTATTGGTCCCGGTGGTCCTACTGGTCCCGTTGGTGTTAACGGATCCCCAGGTTCACCCGGTGGTGCAACTGGTGCCACTGGTGCTGATGGTCCTGAAGGTGCTACTGGTTCTACAGGTGCAACAGGTGCATTCGTTACTGGTAGTAATCTTGTAGCAGGTATTATCACAGCCACCACATTTGATGGTGATGCCACATCAGCTGATAAGATTAAGACTAACCGATCCACCAGTGCGGCTGTTAACTATCTAACTTTCGTTGCTGATGATAACTCTGGTGGTGCTGTTAGTGAAACCCTCAAGACCAACTTGAATGTAAGTTTCATTCCTTCTTCTGGTGATTTTATCGCTAGTAGGATTACAGCAAGTAACAACTTCTACCTAGGTGGTACTGAGGTCAATTCTTCAGCATCTGAACTAAATGTGTTGGTTGGTGTTACTGACTTCTTAGATGAAGATAATATGGCATCCGATAGTCCTACGGCTATCCCATCACAACAATCAGTTAAGAGGTATGTTGACGCTAACGCTTTCTCTGGTATTACTACAGTTAGTATCCTAGTGGGCGCTGGTTCTAGTGATGTATACTTCGCAAGTTCTATTGTTCCAACTACCAATGAGTCCATTGACTTGGGTAGTATTGACTATAAGTTCAGAGACCTCTACCTATCAGACACAACCATATATACTAACACTGGTGAACTTAGTGTAGGTTTGAATACCACAGCACCAACCGCAAAGGTTGTTCTTGGTCCAGCACTACAAACAATTGTTCAACAGTCCACTGATTTTGATGACTTTAAGATCAGAATCGCAGCACAAAGTTGGGGTGGCTAA

Tertiary structure

PDB ID
7c5ebbbd6f4c170944d536fa7f6eca0a513e7cdeaf5d7ae3e7f4457ed9c3fc87
ESMFold
Source ESMFold
Method ESMFold
Resolution 0,4689
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
Ecological redundancy of diverse viral populations within a natural community Gregory,A.C., LaButti,K., Copeland,A., Woyke,T. and Sullivan,M.B. 2015-03-20 — GenBank