Protein

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Genbank accession
AGH07198.1 [GenBank]
Protein name
structural protein
RBP type
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,94
Protein sequence
MANRIQLRRGGAQEWANANPTLAQGELGIELDTGRIKIGDGVTAWNTLRYERPVESNTNTPNTLVQRDADGNFSAAIVTASLIGNASTATRLDQTRQIQLSGDVTASGNFDGSQNLNLSSALTLVSTLPHYLQDNDPSITRVFTEVTVDQKGRVVNARTPAQMNLADYGLDGSATSDTSLAQPWNPNLEAISDETGTGFYVRTGAGSIAVRQILAESADIVVSNGTGVSGNPNLSLAIQAGLVAGNYNTESLTSVTQAGGSGEPFGTETVNAVKFSCDNHGRLSSATNVPIATATEGSKYSSYNAGTTYARYDIIANESKVYQAYQAISAGAGAPTHSSGDNGGWRYLAAEATEQKGLASFAQEDFDVDSNGHVTIAALGVDNTQLQNNRISFADGNTKEDFELDQELTGTTGYRGFNYLNYIKVNDTSGNLLVGANNTGDSGAGELDINVRSYFSDPDITLDGIVDQTLDKTGDGNLTFQLTQNSASARNLSILSTNAGSGTSTVTITAEDVVDIDTSDANGKVHIEDLRIQSNYLASTGQLNLDPGDDRTASGLVRIFGDLQIDGTTTTVNSTVTTVDDPVITLGGDTAPASDDNKDRGIEFRYYDTQARVGFYGWDTGYTDLGGHEGGYRFLHAATNTSEVFAGTDSGLIAGNVKLTTNTNSTSNTTGDLVVAGGAGIGQDVNIGGLLDVDGTFRVNSTSRFDDNIVLQGASKTLQLNNGSGTTKIEFQSTTGNGSLGGILDVTGNFNVNTNKFNVVAASGNTSIAGTLGVTNIATFSNDIDANANMTLAGDLHMESTNDITVAKNAGTGVWEIQSNDYGALRIDGGVYAAGDALIDGTLHVNGAIEVKDSATEAESRLNWLRVRYRGRFGDSYQATPSYASHNTTTIRAHGGAGIERTLHIGGTGSGEGLFVGKRYSGDTVKFSVLGASGNTDIQGTLDVAGNTEINGTLDVDADFAVRNGTTDKFFVDNLTGNTNIEGTLDVNGATEITNTLDVSNAVTFDQTLLVQGNSEFNGTVDVDADFAVRTGTTDKFTVASASGNVATDGTLVVQGQTTINDSLIIDAANEVFSIRNGSAVEKFGVDADNGNTNIIGTLTVGDATQINDTLGVSDVVTFTRNTDQTLTGLYGADGAVRITGGVGVQRNLAVGGNMRVYGDFEITGSTTQTGNTGFSGLVSITNTSDATSFSDNSVALTTDGGLIVSKNAWVGGDFYVWDDANSRNAFYVDTSTGDATLHNTLTVGGNLIVNGTTTTVNSTVTTLDDPIITLGGDSAPASNDGKDRGVEFRYYDGSAKVGFFGYDRSANQFSFLVDATNNAEVHTGTDAPLRAGSLNLTGSGTALDVDNNANIDGTLTVDGQITSNVAQGVTPLIITSTTKVNNLNVDLLDSMTTASANTPTTVVNRDSFGNFAAGTITAALVGNASTATTLETARTITVDGVVDGNVSFNGSADVTITTVFNDSDITALAAQTGTGLVVRTGTGTYARRSVTATASSGVTITNGDAVAGNITINVASASSNSANNLVLRDGSGNFSAGTITAALIGSVTGNVTGNLTGNVTGNVTGDLTGNVTGNVTGNLDGIVGGNTPAAVTGTTITANTGFTGNLTGNVTGQVTGNVTGDLTGDVTGNLTGNVTGNVTGNVTGDLTGDVTGNVTGNVTGNVTGTVSSISNHTTSNLTEGTNLYYTDARADARIAAADTDNLSEGSTNLYFTNARADARIAAADTGDLSEGTNLYYTEARVQTQLDNAYEQLRAMLNNLATATTLTLALSGDPTPGDVTALNNGTLVGGTGYNTATGVATTSSGSGTGLTVDITASGGIITSVAINAGGAGYAVGETITISTGNADATINVSAVIEMAVGDTVTGGTSGTTAVITAVGTNQITVDNVDGFFKKTETVSAGDVSNLTISSFA
Physico‐chemical
properties
protein length:1912 AA
molecular weight: 195889,93400 Da
isoelectric point:4,19463
aromaticity:0,05753
hydropathy:-0,16783

Domains

Domains [InterPro]
SSF69349
4–200
SSF69349
IPR041352
5–43
IPR041352
AGH07198.1
1 1912
Legend: Pfam SMART CDD TIGRFAM HAMAP SUPFAM PRINTS Gene3D PANTHER Other

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Synechococcus phage S-RIM2 R1_1999
[NCBI] 		869662 Viruses > Duplodnaviria > Heunggongvirae > Uroviricota > Caudoviricetes
Host Synechococcus sp. WH 7803
[NCBI] 		32051 Bacteria > Cyanobacteria > Oscillatoriophycideae > Chroococcales > Synechococcus >

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
AGH07198.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
HQ317292 [NCBI]
CDS location
range 89989 -> 95727
strand +
CDS
ATGGCAAATAGAATTCAATTAAGACGTGGTGGTGCCCAGGAATGGGCAAACGCGAACCCAACTCTTGCACAAGGTGAACTCGGAATCGAACTCGATACGGGTCGTATTAAGATTGGTGATGGTGTTACTGCATGGAACACGCTAAGATATGAGCGTCCTGTTGAATCTAACACCAACACGCCAAACACTCTTGTTCAAAGAGATGCTGATGGTAACTTCTCTGCAGCAATTGTTACTGCTTCATTGATTGGTAATGCTTCTACTGCAACCCGTCTTGATCAAACTCGTCAGATTCAGTTATCTGGGGATGTTACTGCTTCTGGAAACTTTGACGGTTCTCAAAACCTGAACCTGTCTTCGGCATTGACGCTTGTTTCTACTCTGCCACACTATTTGCAAGACAACGATCCTAGTATTACTCGTGTCTTTACTGAAGTAACAGTTGACCAGAAAGGTAGAGTTGTAAATGCTAGAACTCCTGCTCAGATGAATCTGGCAGATTATGGTCTGGATGGTTCTGCAACTAGTGACACTTCTCTGGCACAACCTTGGAATCCAAACCTGGAAGCAATCTCAGATGAAACTGGTACAGGTTTCTATGTAAGAACTGGTGCTGGTTCGATTGCAGTCAGGCAGATTCTTGCTGAAAGTGCTGACATCGTTGTTTCTAATGGTACTGGTGTTTCTGGTAACCCCAACCTTTCTCTTGCTATTCAGGCAGGTCTTGTTGCTGGTAACTATAATACAGAGAGTCTTACATCTGTAACTCAAGCAGGTGGTAGTGGTGAACCTTTCGGTACAGAAACTGTAAACGCTGTTAAGTTCTCCTGCGACAATCATGGTCGCTTATCGAGTGCTACAAATGTACCTATTGCTACTGCTACTGAAGGTAGTAAGTATTCTAGCTATAATGCAGGCACTACTTATGCTCGCTATGATATTATCGCGAACGAATCAAAAGTTTACCAAGCATATCAGGCAATCAGTGCTGGTGCTGGTGCTCCTACTCATTCCAGTGGCGATAATGGAGGTTGGCGCTACCTCGCGGCTGAAGCAACAGAGCAGAAGGGACTGGCTTCATTTGCACAGGAAGATTTCGATGTTGACAGCAACGGGCACGTTACCATCGCTGCACTAGGTGTAGATAACACTCAACTACAGAATAATAGAATTTCTTTTGCTGATGGAAATACAAAAGAAGATTTTGAACTTGATCAAGAACTTACTGGAACCACTGGATACAGAGGATTCAACTATCTTAACTATATCAAAGTTAATGATACGAGCGGCAATCTACTTGTTGGCGCTAATAATACAGGGGACAGCGGAGCTGGCGAACTTGATATTAATGTACGCTCGTACTTCTCTGATCCTGACATTACTCTTGACGGCATTGTTGATCAGACACTGGATAAGACTGGGGATGGTAACCTTACCTTCCAGTTAACCCAAAACTCTGCATCTGCTAGAAACCTTAGTATCCTCTCTACAAATGCTGGGTCTGGCACAAGCACAGTTACAATCACTGCAGAAGATGTTGTTGACATTGATACATCTGATGCAAATGGTAAGGTTCATATTGAGGACTTGAGGATTCAGTCCAACTATTTGGCATCTACTGGTCAACTAAATCTTGACCCTGGTGATGATCGTACTGCATCTGGTCTGGTTCGTATCTTTGGCGATCTCCAGATTGACGGTACTACAACTACAGTCAACTCAACAGTAACAACAGTTGATGATCCTGTAATAACTTTGGGTGGCGATACTGCTCCTGCATCTGATGATAACAAAGATCGTGGTATTGAGTTCCGTTATTATGACACTCAAGCACGAGTCGGTTTCTATGGTTGGGATACTGGGTACACTGATCTGGGTGGTCATGAAGGCGGTTATCGTTTCCTTCATGCTGCTACAAATACTTCCGAAGTCTTTGCTGGTACTGATTCTGGTCTTATTGCTGGTAATGTAAAACTTACAACTAACACTAACTCCACTTCAAATACAACGGGTGACCTCGTAGTTGCTGGTGGTGCTGGTATTGGTCAGGATGTAAACATTGGTGGTCTTCTGGATGTTGATGGCACATTCCGTGTTAATAGCACCTCTCGTTTTGATGACAACATTGTCCTTCAGGGTGCTTCTAAGACACTGCAACTAAACAATGGTAGCGGCACCACTAAGATTGAGTTCCAATCTACAACTGGTAATGGATCTCTTGGTGGCATCCTGGATGTAACTGGCAACTTCAATGTCAACACTAATAAGTTCAATGTTGTTGCTGCTTCTGGTAACACTTCTATTGCTGGCACCTTAGGTGTCACGAACATTGCGACATTCTCTAACGATATTGATGCTAACGCCAACATGACGTTGGCTGGTGACCTCCACATGGAGAGCACCAATGACATTACGGTTGCTAAGAATGCTGGCACTGGTGTTTGGGAGATTCAATCTAACGATTATGGTGCTCTTCGCATTGACGGTGGTGTGTATGCTGCTGGTGATGCACTGATTGATGGCACCCTACACGTTAACGGTGCTATTGAAGTTAAGGATAGTGCGACAGAGGCAGAATCGAGACTGAACTGGTTGCGTGTCAGATACAGAGGTCGTTTCGGTGACTCTTATCAGGCAACTCCTTCCTATGCATCTCACAATACTACAACTATCAGAGCACATGGTGGTGCTGGTATTGAAAGAACTCTGCACATTGGTGGCACAGGATCTGGTGAAGGTCTGTTTGTTGGTAAGAGATACTCTGGTGATACTGTTAAGTTCTCTGTTCTTGGTGCATCTGGTAACACTGATATCCAAGGCACACTCGACGTTGCTGGCAACACTGAAATCAATGGTACTTTAGATGTTGATGCAGACTTTGCTGTTAGAAACGGTACAACTGATAAGTTCTTTGTTGATAACTTAACTGGCAATACTAACATCGAAGGCACTTTGGATGTCAACGGTGCAACTGAGATTACAAATACTCTGGATGTCAGCAACGCTGTTACATTCGATCAGACACTCCTGGTCCAAGGCAACTCAGAATTTAATGGCACTGTTGATGTTGATGCTGACTTTGCAGTTAGAACTGGCACTACAGACAAGTTCACTGTTGCTTCTGCATCTGGTAATGTTGCAACTGATGGTACTCTGGTTGTTCAGGGTCAGACAACTATCAACGATTCTCTGATTATTGATGCTGCTAACGAAGTCTTCTCGATTAGAAATGGTTCTGCTGTTGAGAAGTTTGGTGTTGATGCAGATAACGGAAATACAAATATCATTGGCACTCTTACTGTTGGTGATGCAACTCAGATCAACGATACCCTGGGCGTCTCTGATGTTGTTACCTTCACAAGAAATACTGATCAAACTCTGACAGGTCTCTACGGTGCTGATGGTGCAGTTCGTATTACTGGTGGTGTTGGTGTTCAAAGAAACCTCGCTGTTGGCGGCAACATGCGTGTCTATGGTGACTTTGAGATTACTGGTAGCACAACTCAGACTGGTAACACTGGTTTCAGTGGTCTTGTTTCGATTACCAATACTTCAGATGCTACATCATTCTCTGATAACTCTGTCGCTCTTACAACCGATGGCGGTTTAATAGTAAGCAAGAATGCATGGGTTGGTGGCGATTTCTATGTTTGGGATGATGCAAACTCTAGAAATGCATTCTATGTTGATACAAGCACTGGTGATGCAACTTTACATAATACACTTACTGTCGGTGGGAACCTGATTGTTAATGGAACAACAACTACTGTTAACTCTACGGTCACAACTCTCGATGACCCTATTATTACTTTGGGTGGTGACTCAGCACCAGCGTCTAACGACGGTAAGGACCGTGGTGTTGAGTTCCGTTATTACGACGGCTCTGCGAAAGTGGGCTTCTTCGGATATGACAGATCCGCCAACCAGTTCTCATTCTTAGTCGATGCAACTAACAACGCCGAAGTTCATACTGGCACAGATGCTCCTCTTCGTGCTGGTTCTCTTAATCTTACTGGGTCTGGCACAGCACTTGATGTTGATAACAATGCCAACATTGATGGCACTCTGACTGTTGATGGTCAAATCACATCAAACGTTGCTCAAGGTGTAACACCTCTGATCATCACATCTACCACTAAGGTCAACAACCTGAACGTTGACCTCCTGGATAGCATGACGACTGCTTCGGCAAACACACCTACCACGGTTGTTAATCGCGATTCTTTTGGTAACTTTGCTGCAGGAACTATCACTGCTGCTCTGGTTGGTAACGCTTCTACAGCAACCACCCTGGAGACTGCAAGAACAATCACTGTTGATGGTGTTGTTGATGGTAATGTCTCCTTTAATGGATCTGCTGATGTAACTATCACAACGGTCTTCAATGACTCTGATATTACTGCTCTTGCTGCCCAGACTGGCACAGGTCTGGTAGTAAGGACTGGCACAGGCACTTATGCAAGACGCTCTGTGACCGCTACAGCGTCCTCTGGCGTTACTATTACTAACGGTGATGCAGTTGCTGGCAATATCACCATTAACGTCGCTTCTGCGTCCTCTAACTCGGCAAATAACCTGGTCCTGCGTGACGGTTCTGGTAACTTCTCTGCTGGTACAATCACTGCAGCACTGATTGGTAGTGTTACAGGTAACGTTACAGGTAATCTGACTGGTAATGTAACGGGTAATGTCACTGGTGATTTGACTGGAAATGTTACAGGTAACGTTACTGGTAATCTCGATGGCATCGTTGGTGGTAATACACCTGCTGCGGTCACGGGTACTACGATTACAGCGAACACTGGATTTACTGGTAATCTCACAGGTAACGTTACTGGCCAGGTCACTGGTAATGTCACTGGTGATTTGACTGGTGATGTAACTGGCAACCTGACTGGTAATGTCACGGGTAATGTAACTGGTAATGTTACTGGTGATTTGACTGGCGATGTTACAGGTAACGTCACTGGTAATGTAACTGGCAATGTAACTGGAACAGT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Tertiary structure

PDB ID
d7f9935b3c66fb1ba1d43fef984598fb6eeae3d2098a0b592a4192713c216710
ColabFold
Source ColabFold
Method ColabFold
Resolution 0,5331
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
The Genome Sequence of Synechococcus phage S-RIM2 isolate R1_1999 Henn,M.R., Marston,M., Levin,J., Malboeuf,C., Casali,M., Russ,C., Lennon,N., Chapman,S.B., Erlich,R., Young,S.K., Yandava,C., Zeng,Q., Fitzgerald,M.F., Alvarado,L., Anderson,S., Berlin,A., Chen,Z., Freedman,E., Gellesch,M., Goldberg,J., Green,L., Griggs,A., Gujja,S., Heilman,E., Heiman,D., Hollinger,A., Howarth,C., Larson,L., Mehta,T., Neiman,D., Pearson,M., Roberts,A., Ryan,E., Saif,S., Shea,T., Shenoy,N., Sisk,P., Stolte,C., Sykes,S., White,J., Haas,B., Nusbaum,C. and Birren,B. 2011-09-23 — GenBank