Protein

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Genbank accession
QPB08404.1 [GenBank]
Protein name
virion structural protein
RBP type
TSP
Evidence RBPdetect
Probability 0,78
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,96
Protein sequence
MADRFPLIVNATSRKIEELVAGDNLDLTGNGVIISGDVGDGKYLKSDGGFVVWDNPGDVYLNASQTLTNKIFESCTLSGSLNTITNISNSSLVNSGITINGTTVNLGNSITTPNDNTTYTLGVADGLTSSQKRIQLTDSGSTVDEIIFAVGTPQSIPQGTNALSLLVDRSGDTFTVSGYVVDNNTVTTIQSFTGGTPQSGNILFKGTGGATITQDSANRTIEINTRNDDTITQLRAGTGQVFSDGNFTFLAGNEVSLVQGVDGNSDPTITISSTDTITRVQGGGSGSLQSGDILIQGGSSGNVTVSQSGNTIDIDSQNDDTITKIGSVSSNGTFTVAPGDFRFTASGDAELTQTTNSGVTEIDISFTNTDTGAGLDAANGIILNGSDFELKNAGSLTDQKILKWDSANAQLVNSLLEDNGTTVTVAGNLNVTGTTTTLESTILQVADPIIELRKGASLVGANGGIQINRTSDANGVVQTWIGLQWYETGGYFRTLDNAGVARRFVTENENQTLTNKTLNNASFTGTTDIGVATATTLNGLTISPVISSTLDFADQKTLTVNNTMTLSSTDGAVINFANGGGAGSQVAYSSYNLGQFSTTTSVQLRGTVSDPTGSGQLVFNTTPVISTAITTQDASFSVFNTNATSINAFGAATALNLGATTGTTLVRNDLDVNGNVVLNTNDTDTFTVEGIPNFDKNDITIRGTATSPMTIGRGNGSVSSNTALGTEVLSANQSGSQNTGVGFEALASNVSGLGNTAVGDGALSFSDVGSNNVAVGKNAAGSSTSGDNNVAVGDNAMYGSSAGDDNVCIGAYAGYNMTGNGNVLIGSGRPIGDPAIPGATYQPPSSGGSVQLVIGSTTEVSGSRVSGTWIKGDNLFNVTMENDLSVGGELVVGGNLTVNGTTTTINTQNIQIDDNALELAAVQLAQFSGNVTNGSPFVTNVEVFTGVVVGMTVNVVSGTSLPAGTTTVTSVDPDNGTIGLSQNITGSGGTGVFEALGPTDEAANGGGLILKGTTTDKTILYDNTRADKYWKFSENLEIKANRHIAINGTELLSGTTLGTTVVNSSLTSVGTLTGLAVNGAASFGGKIKESNDNNFTTSLAPDGSGVLTINTATSNTICGTPTAAAITEWAFTNVNLNNGESLTITLILASNTTALYGDACSIDGNSVTNGVKWSGGSPPTPTNNTDILTFVMVKDGSGNIQVFGQGNTDFS
Physico‐chemical
properties
protein length:1211 AA
molecular weight: 123379,34450 Da
isoelectric point:4,08254
aromaticity:0,05285
hydropathy:-0,08159

Domains

Domains [InterPro]

No domain annotations available.

Legend: Pfam SMART CDD TIGRFAM HAMAP SUPFAM PRINTS Gene3D PANTHER Other

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Synechococcus phage S-H9-2
[NCBI] 		2783669 Viruses > Duplodnaviria > Heunggongvirae > Uroviricota > Caudoviricetes
Host No host information

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
QPB08404.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
MW147367 [NCBI]
CDS location
range 117167 -> 120802
strand -
CDS
ATGGCAGATCGTTTTCCACTTATTGTTAATGCTACTTCAAGGAAGATCGAAGAACTTGTAGCAGGTGACAATTTAGATCTCACTGGCAATGGTGTTATCATCAGCGGAGACGTGGGTGATGGGAAATATCTAAAGAGTGATGGAGGATTTGTTGTCTGGGATAATCCTGGTGATGTTTACCTGAATGCATCACAGACATTAACTAATAAAATCTTTGAAAGTTGTACTTTATCAGGATCGCTTAATACCATAACCAATATCTCAAATAGTTCATTGGTTAACTCTGGTATTACAATCAATGGAACCACAGTAAATCTTGGCAATTCAATAACAACACCAAACGACAATACAACTTACACGTTGGGAGTTGCTGACGGTCTAACTTCCTCCCAAAAGAGGATTCAACTAACTGATAGTGGATCAACAGTAGATGAAATAATTTTTGCAGTAGGAACTCCACAATCTATTCCTCAAGGAACAAACGCTTTAAGTCTACTTGTAGATAGAAGTGGTGACACTTTCACAGTTTCTGGATACGTAGTAGATAATAATACTGTCACTACTATTCAATCATTTACTGGTGGTACTCCACAGTCTGGTAACATCCTTTTCAAAGGAACAGGTGGAGCAACTATTACTCAAGATTCTGCCAACAGAACTATTGAAATTAATACGAGAAACGATGACACTATAACTCAACTACGAGCTGGTACTGGTCAAGTATTTTCTGATGGAAACTTTACTTTCCTTGCTGGAAATGAAGTTTCTCTTGTACAAGGTGTTGATGGCAACAGTGATCCAACAATTACAATCAGTTCTACAGATACGATTACTCGTGTACAGGGCGGAGGTTCTGGATCTCTTCAATCAGGAGACATTTTAATTCAGGGTGGTTCTAGTGGAAATGTAACTGTCAGTCAGTCTGGAAATACCATCGATATTGATTCACAGAACGACGACACTATCACCAAAATTGGATCTGTATCTTCTAACGGTACGTTTACTGTAGCACCAGGAGACTTTAGATTCACAGCTTCAGGTGATGCTGAACTAACACAGACCACAAACTCAGGTGTCACTGAAATTGATATCAGTTTCACTAACACTGATACTGGTGCTGGTCTTGATGCTGCTAATGGTATCATTCTAAATGGATCTGATTTTGAACTTAAGAATGCTGGGTCATTAACCGACCAAAAGATTCTAAAGTGGGACTCTGCTAATGCTCAGTTAGTTAACAGTCTATTAGAAGACAACGGAACTACTGTTACAGTTGCTGGTAACTTAAATGTTACTGGTACTACCACCACATTAGAGAGTACGATCCTCCAAGTTGCTGATCCTATCATTGAATTAAGAAAAGGAGCAAGTCTCGTAGGTGCTAATGGCGGCATTCAAATTAATAGAACCAGTGATGCCAACGGTGTAGTTCAAACATGGATCGGTCTTCAATGGTATGAAACTGGCGGATACTTCAGAACACTTGACAATGCTGGTGTTGCCAGAAGATTTGTCACAGAAAATGAAAATCAAACTTTAACCAACAAAACTTTAAACAATGCTTCCTTTACAGGAACTACTGACATTGGTGTAGCAACTGCCACAACCCTCAATGGTCTAACTATTAGTCCAGTCATTAGTTCTACACTGGACTTTGCTGATCAAAAAACTTTGACAGTAAATAACACCATGACACTTAGCTCCACAGATGGAGCTGTCATTAACTTTGCTAACGGAGGAGGTGCTGGTAGTCAAGTAGCATACTCATCTTACAACTTGGGTCAGTTCTCTACTACAACTTCTGTTCAACTTAGAGGTACTGTTAGTGATCCAACTGGTAGCGGACAATTGGTATTCAACACCACTCCAGTTATTTCTACTGCTATTACTACACAGGATGCTTCTTTCTCAGTATTCAACACCAATGCCACTTCAATCAATGCTTTTGGTGCTGCTACTGCTCTAAATCTTGGTGCTACTACAGGTACAACTCTTGTTAGAAATGATTTAGATGTCAATGGTAACGTAGTATTGAACACTAACGATACAGATACATTTACTGTTGAAGGTATTCCAAACTTCGACAAGAATGACATTACTATTCGTGGAACTGCTACCTCGCCAATGACTATCGGCAGAGGTAATGGTTCTGTTTCAAGTAATACTGCTTTAGGTACTGAAGTTTTATCAGCAAACCAAAGTGGATCTCAAAACACTGGTGTTGGTTTTGAAGCATTAGCATCAAATGTTTCTGGTCTTGGTAACACTGCTGTTGGTGATGGAGCACTAAGTTTTTCTGATGTTGGTAGCAACAACGTAGCTGTCGGTAAGAATGCTGCTGGATCAAGCACCAGTGGAGACAATAACGTAGCGGTCGGTGACAATGCTATGTATGGATCTTCTGCTGGAGATGACAATGTTTGTATCGGTGCTTATGCTGGTTATAACATGACTGGTAATGGCAACGTTCTGATCGGTAGTGGTAGACCAATTGGCGATCCTGCTATTCCTGGTGCTACATATCAACCTCCTTCATCTGGTGGCAGTGTTCAGTTAGTTATCGGTAGCACCACAGAAGTTTCGGGATCAAGAGTATCTGGTACATGGATTAAGGGCGATAACCTATTCAATGTCACCATGGAAAACGACCTTTCTGTTGGTGGCGAATTGGTTGTTGGAGGTAACCTTACTGTTAATGGTACAACTACAACTATTAATACTCAAAATATTCAAATTGATGACAATGCTCTGGAGTTGGCAGCAGTACAACTTGCTCAGTTCTCTGGTAATGTCACAAACGGAAGTCCTTTTGTTACTAACGTCGAAGTATTCACTGGCGTTGTTGTTGGTATGACAGTCAACGTTGTTTCTGGTACGTCACTCCCAGCAGGAACAACAACTGTCACAAGCGTTGATCCAGACAATGGCACTATTGGATTATCTCAAAACATTACTGGTTCTGGTGGTACTGGTGTATTTGAAGCACTGGGTCCAACAGATGAGGCAGCTAACGGTGGTGGTTTGATTCTCAAGGGAACTACGACAGACAAAACCATTCTGTATGATAACACAAGAGCAGATAAGTATTGGAAGTTCTCAGAAAACCTTGAGATCAAAGCAAACAGACATATTGCTATCAACGGTACTGAACTACTTAGTGGTACTACGTTAGGTACAACTGTTGTCAACTCTTCACTAACATCTGTTGGTACACTGACTGGTCTTGCTGTTAATGGAGCAGCATCATTCGGCGGAAAGATCAAAGAGAGCAACGACAATAACTTCACCACTTCATTAGCACCCGATGGTTCTGGTGTTCTTACTATCAACACTGCTACATCTAACACGATCTGTGGTACACCAACAGCAGCAGCAATCACTGAGTGGGCATTCACTAATGTCAATCTAAATAATGGTGAATCTCTAACTATCACTTTGATCTTGGCATCTAACACCACTGCTCTCTATGGTGATGCTTGTAGTATCGATGGCAACTCAGTTACAAATGGTGTTAAGTGGTCTGGAGGTTCACCACCAACACCAACCAACAACACGGATATTTTAACATTCGTAATGGTGAAAGATGGATCTGGAAATATCCAGGTATTTGGACAAGGTAACACAGACTTCAGCTGA

Tertiary structure

PDB ID
e3b2960da6a1fe606fa061d207151d539e88361565c8b37850f76426b6ce92db
ColabFold
Source ColabFold
Method ColabFold
Resolution 0,2481
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
The Isolation and Genome Sequence of a Novel Cyanophage S-H9-2 from the Yellow Sea, China Jiang,T. and Luo,L. 2019-04-04 — GenBank