Protein

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Genbank accession
AFB17583.1 [GenBank]
Protein name
structural protein
RBP type
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,93
Protein sequence
MANRIQLRRGSATQWSNANPTLAQGELGIELDTGRIKIGDGVTAWNSLRYERPIESVSATANTLVQRDADGNFSAGTITASLIGNASTASRLSSTRQIQLSQDVTGSGVFDGSANLNINAVLGLVPSLPHYDGTDTSSGTYTKVVVDAKGRITNASNPTTIQDYGLDGTVVGQSAQPYDLDLISLTNLPDGAAGFGIVTRTSTGNITVRDIVTASTQRIIVDNGDGIGGNPAIDLANTTVVPDPTTYSDGNYNTESLTSVTSVGAKGEPVGTQTVNTVKFTVDKYGRLQSATNVPIATATEGSKYPTYSAGASYSRYDIIEEGGNVYQAIQDILAGSGAPAHTDSSDTGGWRFLASAATEQKGLASFAQEDFDVDNNGHVTIAAAGVDNTQLQNNRIIFTDQNTVQEFELDNELTTATAHTGFDYLNYIKVNDTSGNLLFGANNTGDGGAGEIDINVRSYFSDPDITLDGIVAQTLDKTGDGDLTLQLTQNTASNRNFNILTTNAGSGTSNIIVTAEDTVQISASQAAGKVWVEDARFQDNYIATTNATLNLDPGDDRAVTGTVRVWGDLQVDGTTTTVNSTTLQVDDPIVTLGGDTAPVANDNLDRGVEFRYYDSAAKLGFYGYDASYSDLAGHTGGYRFLYDATNTSEVFSGTDAGIIAGNLKLTTNTNSTSNTTGDLVLAGGAGIGQDVNIGGLLDVDSTLRVHSTSRFDDSMVIQGASKTLQLNNGTGTTRIELQSTTGNADFYGIVNITNDLNINTNKFNVASATGNTLIAGTLGVTGQTTLTGALDLNNTLNVSGFTYLESTDEPQIALNSGTGLYEIQNSDYGAFRFNGGGYIEGDFMFNSDVYVNGTVVQKEDETAVFNRQNYLNVRYILYAGSSSARTPSYATDTTTNLRVFGGAGIATDLHIGDDLYIGKLNSSDTIEFQVVGESGNTTIGRSGAGTNSVGTLTVHGDVTFNRDLFANGNITLGNATSDTLTVQANSEFNGTVDVDADFAVRNGTTDKFFVDNVTGNTDIQGTLYVLGNTNIDGTLDVDSNFAVRSGTTDKFTVASASGNVATDGTLVVQGQTTINDSLIVDAANEVFSIRNGSAIEKFSVDADNGNTNIIGTLTVGDATQINDTFGVSGIVTSTNNTQQSINGNSIALDGAARFSGGVGVAKNLAVGEDLMVYGDFNIVGNQVINGTTTYNARIDITNTAEADSLSDNNVAFQVDGGGIIRKKLWAGGDFTVYDTANARNAFFVDVSTGDATLHNTLTVGGDLIVNGTTTTVNSTVTTLDDPIITLGGDTAPTTNDGKDRGVEFRYYDGSAKVGFFGFDRSSSQFTFLTDSTNVSEVHTGTDAALRAGSLNLTGTGTILDVDANANIDGTLTVDGQIISQVTSGPALVIPNTTKINNLNADLLDGYTTATANTASTVVVRDASGDFAAGTITASLAGNATTASRLQTARTITIDGVVDGSVSFNGSSNVTISTTYNDADITALAAMAGTGLVTRTAANTYAQRSVTATAASGITITNADGVSGDITINVASASTNASNNLVLRDASGNFAAGTITASLVGNVTGNVTGNVTGDLTGQADGADRVVTQEVTTNFDYPIVFASARFTTPTNTQIYTEASGGAAATYNPSTKTLEVETIKCDTISPRDPGAIQFNINANSVTATIGFTGDLTGDVTGDVTGNADTATVADTATQVATQTVQTNFNQEHFLPFVVSNSASVINQSVLTDGGATYNPFQNRITAQTFAGDLTGDVTGNVDGNVAGEVTLEGTVPATATDPGTAGDVRYDADYVYVCVATNTWKRSALATW
Physico‐chemical
properties
protein length:1806 AA
molecular weight: 187465,41410 Da
isoelectric point:4,13853
aromaticity:0,06866
hydropathy:-0,16318

Domains

Domains [InterPro]
G3DSA:2.10.10.30
1–44
G3DSA:2.10.10.30
SSF69349
4–244
SSF69349
IPR041352
5–43
IPR041352
AFB17583.1
1 1806
Legend: Pfam SMART CDD TIGRFAM HAMAP SUPFAM PRINTS Gene3D PANTHER Other

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Synechococcus phage S-RIM8 A.HR1
[NCBI] 		869724 Viruses > Duplodnaviria > Heunggongvirae > Uroviricota > Caudoviricetes
Host Synechococcus sp. WH 7803
[NCBI] 		32051 Bacteria > Cyanobacteria > Oscillatoriophycideae > Chroococcales > Synechococcus >

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
AFB17583.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
JF974288 [NCBI]
CDS location
range 83158 -> 88578
strand +
CDS
ATGGCAAATAGAATTCAGTTAAGACGTGGCTCGGCTACGCAGTGGAGTAATGCAAACCCCACTCTAGCTCAAGGCGAGTTGGGAATCGAACTTGATACGGGTCGTATCAAAATCGGTGATGGTGTTACCGCATGGAACTCATTGAGGTATGAGAGACCGATTGAATCTGTGTCAGCAACTGCCAATACTTTGGTGCAACGTGATGCCGATGGAAATTTCTCGGCAGGAACAATCACAGCATCCTTAATTGGTAATGCTTCTACTGCATCTAGACTGTCATCTACACGCCAGATTCAGTTGTCTCAAGACGTTACTGGTTCTGGTGTTTTTGATGGTTCTGCTAACTTAAATATTAATGCTGTTCTTGGATTAGTGCCATCGTTACCACATTACGATGGTACAGATACTTCTAGTGGCACTTACACAAAAGTTGTAGTTGATGCCAAGGGTAGAATAACCAATGCTTCCAATCCAACCACTATTCAAGACTACGGACTAGATGGCACTGTTGTTGGTCAATCTGCTCAACCATATGACCTCGATTTAATATCGCTCACAAATCTTCCTGATGGTGCCGCAGGTTTTGGTATTGTTACCCGAACATCTACAGGTAACATTACCGTTAGAGATATTGTAACTGCTTCGACACAACGCATCATTGTTGATAATGGTGATGGTATTGGCGGCAATCCCGCAATCGATTTAGCAAACACTACTGTTGTTCCAGACCCAACAACATATAGTGATGGTAACTATAATACAGAATCGTTAACTTCAGTAACTAGTGTTGGTGCCAAAGGAGAACCAGTAGGAACTCAAACAGTAAATACTGTCAAATTTACTGTTGATAAGTACGGTCGTCTTCAATCTGCTACAAATGTACCAATTGCTACTGCTACCGAAGGTAGCAAGTATCCTACATATAGTGCTGGGGCATCTTATTCCCGATATGACATCATCGAAGAAGGTGGCAACGTTTATCAAGCCATTCAAGATATTCTTGCGGGTTCTGGTGCCCCAGCTCATACTGATAGCAGCGATACTGGAGGATGGAGGTTCCTCGCGTCTGCGGCAACAGAGCAGAAGGGACTGGCTAGCTTTGCACAGGAAGATTTCGACGTTGACAACAACGGGCATGTCACCATTGCCGCCGCTGGTGTAGATAACACCCAATTACAGAATAATAGAATTATCTTTACTGACCAGAACACTGTTCAAGAGTTTGAGTTAGATAACGAACTCACTACTGCTACAGCACATACTGGTTTTGATTATCTTAACTATATTAAAGTTAATGACACGAGTGGTAATTTACTGTTCGGCGCTAATAATACAGGTGACGGTGGTGCTGGTGAGATTGATATCAATGTACGCTCGTACTTCAGCGATCCTGATATCACTCTTGATGGTATTGTTGCTCAAACCCTGGACAAGACTGGAGATGGTGACCTCACTCTTCAATTAACACAGAATACTGCTTCTAACAGAAACTTCAACATCCTGACAACAAATGCTGGTTCTGGAACTAGCAACATTATTGTCACTGCTGAAGATACTGTTCAAATTAGTGCATCTCAAGCAGCAGGTAAAGTTTGGGTAGAAGATGCACGTTTCCAAGATAATTATATTGCTACAACAAATGCAACTCTCAACCTTGATCCTGGTGATGATAGGGCGGTTACTGGAACCGTCAGAGTTTGGGGTGATTTACAGGTTGACGGCACCACGACGACGGTCAATTCGACGACCCTTCAGGTTGATGACCCCATTGTTACTCTTGGTGGTGATACTGCTCCTGTTGCTAACGATAATCTCGATAGAGGCGTTGAGTTCAGATATTATGATAGTGCAGCAAAGCTTGGATTCTACGGTTACGATGCTTCGTATTCTGATCTCGCAGGTCATACAGGAGGATACCGATTCCTCTACGATGCTACAAACACTTCTGAAGTCTTCTCTGGAACAGATGCAGGCATCATCGCTGGTAACCTTAAACTAACTACCAACACTAACTCCACCTCCAATACAACTGGCGACCTTGTACTTGCTGGTGGTGCTGGTATCGGTCAGGATGTTAATATTGGTGGTCTTCTGGATGTTGACAGCACTCTGCGCGTCCACAGCACCTCTCGCTTTGATGACAGCATGGTCATCCAAGGTGCTTCTAAGACACTGCAACTGAATAATGGTACTGGTACAACTCGTATTGAGTTGCAATCTACAACTGGTAATGCTGATTTCTATGGTATCGTCAATATTACCAATGACCTTAACATCAACACTAATAAATTTAATGTTGCTTCTGCAACTGGTAACACTCTCATTGCTGGTACACTTGGAGTAACTGGTCAGACTACTTTAACTGGTGCTCTTGACCTTAACAACACTCTGAATGTTTCTGGATTTACATATCTGGAAAGTACAGACGAACCTCAGATTGCTCTGAATTCTGGCACTGGTCTGTATGAGATTCAGAACAGTGACTATGGTGCATTCCGATTTAATGGTGGTGGATACATTGAAGGCGACTTCATGTTTAACTCCGATGTTTATGTCAACGGTACTGTAGTTCAGAAAGAAGACGAAACCGCAGTATTCAACAGACAAAACTACCTGAACGTTCGTTATATTCTATATGCAGGTTCTTCTTCTGCACGCACACCTTCTTATGCAACAGACACTACAACTAACTTAAGAGTTTTTGGTGGTGCTGGTATTGCAACTGACCTTCACATCGGTGATGACCTGTATATCGGTAAACTCAACAGTAGCGATACTATTGAATTCCAAGTCGTCGGTGAAAGCGGCAACACTACAATCGGTCGCTCTGGTGCAGGCACTAACTCTGTAGGTACACTGACTGTCCATGGTGATGTAACATTCAACAGAGACCTGTTTGCTAATGGCAACATCACTCTTGGTAACGCAACTAGCGATACTCTGACTGTCCAAGCAAACTCCGAGTTTAATGGCACGGTTGATGTTGATGCAGACTTTGCTGTTAGAAACGGCACAACCGACAAGTTCTTTGTTGACAACGTAACAGGTAACACTGATATTCAAGGAACTTTATACGTATTGGGTAATACCAATATCGATGGTACTTTAGATGTTGACTCCAACTTTGCTGTTAGAAGTGGCACTACAGACAAATTTACTGTTGCTTCTGCTTCTGGTAACGTTGCAACTGATGGTACTCTGGTCGTCCAAGGTCAAACAACTATTAACGATTCTTTGATTGTTGATGCTGCTAATGAAGTTTTCTCTATCAGAAATGGTTCTGCTATTGAAAAGTTTAGTGTTGATGCAGATAACGGTAATACCAACATCATTGGTACTCTGACCGTTGGTGATGCAACTCAGATTAATGATACCTTCGGCGTATCTGGTATTGTAACCTCAACCAATAATACTCAACAATCTATTAATGGCAATTCTATTGCTCTTGACGGTGCTGCAAGATTCTCGGGTGGTGTTGGTGTTGCTAAGAACTTAGCAGTTGGTGAAGACCTTATGGTCTACGGGGACTTCAACATTGTTGGTAATCAGGTCATCAATGGTACTACCACTTATAATGCACGAATTGATATTACAAATACTGCTGAAGCAGACTCTCTTAGTGATAATAACGTTGCATTCCAAGTTGATGGTGGCGGTATTATTAGAAAGAAACTTTGGGCGGGTGGAGACTTCACTGTATATGATACTGCAAACGCTAGAAATGCATTCTTTGTTGATGTAAGCACTGGCGATGCCACCCTACACAATACACTTACTGTTGGTGGAGACTTAATTGTAAATGGCACAACCACTACTGTTAATTCTACGGTCACAACTCTCGATGACCCTATTATTACTTTGGGTGGTGACACAGCACCAACAACTAACGACGGTAAGGACCGTGGTGTTGAGTTCCGTTATTACGACGGCTCTGCGAAAGTGGGTTTCTTCGGATTCGACAGGTCGTCCTCCCAATTCACATTCCTAACAGATTCTACCAATGTATCTGAAGTTCACACTGGCACAGATGCTGCTCTTCGTGCTGGTAGCCTGAATCTGACTGGCACTGGCACCATTCTTGACGTTGATGCTAATGCCAACATCGATGGCACTCTGACTGTTGATGGTCAGATTATCTCTCAGGTTACATCTGGTCCTGCTCTGGTTATTCCTAACACTACTAAGATTAATAACCTGAATGCTGACTTGCTGGATGGTTATACAACTGCAACTGCTAATACTGCAAGTACGGTTGTTGTCAGAGATGCTTCGGGAGATTTTGCTGCAGGAACTATCACTGCTTCCCTGGCGGGCAATGCTACTACTGCATCTAGATTGCAGACAGCACGCACAATCACAATCGACGGAGTTGTTGATGGCAGCGTTTCCTTTAATGGTTCTTCCAACGTAACAATCAGCACCACCTACAACGACGCAGACATCACTGCACTCGCCGCTATGGCAGGTACAGGTCTGGTTACCAGAACTGCTGCTAATACCTACGCACAACGCTCTGTGACCGCCACAGCAGCGTCTGGAATCACGATTACTAATGCAGACGGTGTATCAGGCGACATCACCATTAACGTCGCTTCTGCGAGCACCAACGCATCAAATAACCTCGTTCTTCGTGATGCCTCTGGTAACTTTGCTGCTGGCACAATTACGGCAAGTTTGGTTGGTAACGTAACTGGTAATGTCACTGGTAACGTAACTGGAGACTTGACTGGTCAGGCAGATGGTGCAGATAGAGTAGTTACTCAAGAGGTTACAACTAATTTTGATTACCCAATTGTTTTTGCATCGGCAAGATTTACAACTCCAACTAATACTCAGATTTATACAGAGGCTTCGGGTGGTGCAGCTGCAACATATAATCCATCTACTAAAACTTTAGAAGTAGAAACAATTAAGTGTGATACAATTTCACCTAGGGATCCTGGAGCCATCCAATTCAATATTAATGCAAATAGTGTTACTGCTACTATTGGATTTACTGG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Tertiary structure

PDB ID
8a8c8bfbcb4629c3f5b8624487a875b15cf5dfb2a094c75556c5e741e42bdd3f
ColabFold
Source ColabFold
Method ColabFold
Resolution 0,5301
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
The Genome Sequence of Synechococcus phage S-RIM8 A.HR1 Henn,M.R., Martiny,J., Weihe,C., Levin,J., Malboeuf,C., Casali,M., Russ,C., Lennon,N., Chapman,S.B., Erlich,R., Young,S.K., Yandava,C., Zeng,Q., Alvarado,L., Anderson,S., Berlin,A., Chen,Z., Freedman,E., Gellesch,M., Goldberg,J., Green,L., Griggs,A., Gujja,S., Heilman,E.R., Heiman,D., Hollinger,A., Howarth,C., Larson,L., Mehta,T., Pearson,M., Roberts,A., Ryan,E., Saif,S., Shea,T., Shenoy,N., Sisk,P., Stolte,C., Sykes,S., White,J., Haas,B., Nusbaum,C. and Birren,B. 2011-09-23 — GenBank