Protein

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Genbank accession
YP_007877966.1 [GenBank]
Protein name
structural protein
RBP type
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,94
Protein sequence
MANRIQLRRGGSAEWTNSNPVLAQGEIGLELNTGRFKIGDGVSNWSNLRYSRPVESTTATANSLVQRDADGNFAAGTITANLIGNASTAQRIATTRQIQLSGDLVATGTFDGSSNLNLNSTLEILNTLPHYDAGNANATGTYTKVTVDSKGRVVNATTPSTLADYNLNGTVEGSSAQPYDLDLVAIAGHTGTGLYAKTSTGNVATRTIQGTSTRIQINNGSGVAGDPTIDMITTAVQAGNYNTESLTSVSAAGSNSEPYGTQTVNATKFTVDAYGRLTSATNVPIATATEGSKYANYDAGTAYVRYDIIQNASKVYQALTSINAGAGAPTHSSGDTGGWRYLAAEATEQKGLASFAQEDFDVDSNGHVTIAAAGVDNTQLQNNKLIFTDGNAVENFELDNELTTSTANTGFNRLNFIKINDTSGNLLFGANNTGDSGAGEIDVNVRSYFSDPDITLDGATAQTLDKTGDGNLTFQLTQDSSSARNLSILSTNAGSGTSTVTITAEDVVDIDASAATGKVHVEDARFQDNYIATTNATMNLDPGDDRAVSGTVRVWGDLQVDGVTTTVNSTTMTVDDVVLTLGGDTAPSSDDNLDRGVEFRYYDTQARLGFYGWDTNYTDLGGHEGGYRFLHAATNTSETFAGTDSGIIAGNLKLTTNTNSTSNTTGDLVVAGGVGITQDVNIGGLLDVDGTFRANSTSRFDDNIVLQGASKTLQLNNGSGTTKIEFQSTTGNASIGGVTDVTGNFNVNTNKFNVVASSGNTTIAGTLGVTGDTTLTGALDANSTVNVAGFTRLEDTNEPSIALNGGTGLYEIQSSDYGAFRFDGGGYVEGDTMFNSDLYINGFIRQKEDVTATFNTQNYLQVRYKFRTGTSAAYTPAYAQDNTSNLRVYGGAGIATDLHIGDDLYIGKLNSGDNVEFQVLGESGNTTIGRSGAGTSSVGTLTVYGDTLLDRDLTVNGDITLGNASSDVLTINSDTTFNDDVKINGDNLTFTIEAQNGTDAFVVDSDNGNTTIAGTLDVDDATTITNTLNVTNGVDFDSTLNVDGQTDLNGALIVDGATTINNSLTLNKASGNLLIQNGSGVTKFSVDTDNGNTDIQGTFNVEGATTIDDTLGVTGITSFTDNTDQSVGGNNYSADGSVRLTGGLGVAKNLAVGEDFTVYGNFVVKGNTTQTGTTVYNNTIEISNTQDATSFADNSVSLTTDGGARISKNTWVGGDFYVWDDANSRNAFYVDVSTGDATLHNNMTIGGDLVVNGTTTTVNSTITTLDDPIITLGGDTAPSSDDAKDRGVEFRYYDSTAKTGFFGLDRSSLEYVFLSNTSNSSEVITGTDGDLRAGSLHLTGSGTTLDVDANANIDGTLTVDGQITSNVSTGTPPLVVASTTKVNNLNADLLDGFTTDSTANANTIVLRDASGDFAANKITVATGTGSGAGIQGNALTADTLKTARTITVDGVVNGNVSFNGSADVTITTTYDDADITALAAQAGTGYMVRSAANTYVHRTFAVTSGSGITLTNADGISGNTTINVASSASSTPDNLVLRDGSGDFAANVITMATATISGAATIGTTLGVTGATTLSSTLGVTGAATLSSTLAVTSNATIGGTLGVTGVSTLTGLLNANGGIAVDTNNFTVNGSTGSVVTAGTLSVGSTSAFTGAITASGGVVGALTGNVTGNVTGDVTGDLTGDVTGNLVANSTALNILPAADSTHNLGSTTVRWANVYADNLNAGGNATIAGNLDLTGNIAVTGTSTFTAEATFATHVNLGDNDELRIGDGNDLKILHNGSNSIINDEGVGDLYLGGNANVNITNGALSEFKAKFITDGAVELYYDNSKKFETTATGATITGVLVATSLTGNVTGDVTGNVTGDVTGDLTGNVTGNLTGNVTGNATSVSVSQSGSQTDYFVAIAANTAGSGTTSIRADAGLKFNTGTNVLTVTGGVTADLTGDVTGNLTGNVTGNVTGTVSSIANHDTGDLAEGTNLYYTDARADARIAAATTDDLSEGSTNQYYTEARVQTKLDHAFEQLRAMLNNLATTTTLVLNLSGDPTPGDVVTLGSIVTGGTGYSTSTGVATTSSGSGTGLTVDITASAGVIQSIAVNSDGSGYVAGETITISTGDGNAQVTVGTVKTMAVGNTITGGTSGTTGVITALGATSVTIDTIDGFFKKGETVSAGNVTTLTISTFA
Physico‐chemical
properties
protein length:2179 AA
molecular weight: 222087,76090 Da
isoelectric point:4,12562
aromaticity:0,05874
hydropathy:-0,13777

Domains

Domains [InterPro]
SSF69349
STR
4–243
SSF69349 DC_1607 DC_1607 DC_0421 DC_0029
IPR041352
ATT
5–43
IPR041352
YP_007877966.1
1 2179
Architecture
ATT
STR
STR
STR
STR
RBD
ATT 4-43 | STR 44-243 | STR 339-938 | STR 1124-1547 | STR 1750-1828 | RBD 1958-2179
Legend: ATT STR RBD CBM LEC ENZ CHP LNK TAS TTP UNK Unmapped

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Synechococcus phage Syn30
[NCBI] 		536474 Uroviricota > Caudoviricetes > Pantevenvirales > Leucotheavirus > Leucotheavirus syn30
Host Synechococcus sp. WH 7803
[NCBI] 		32051 Bacteria > Cyanobacteria > Oscillatoriophycideae > Chroococcales > Synechococcus >

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
YP_007877966.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
NC_021072 [NCBI]
CDS location
range 141936 -> 148475
strand -
CDS
ATGGCAAATAGAATTCAATTAAGACGTGGTGGCAGCGCAGAGTGGACCAACTCTAACCCCGTACTTGCTCAGGGCGAAATCGGTCTGGAACTTAACACTGGTCGTTTCAAAATCGGTGATGGTGTTTCCAACTGGAGTAATCTGAGATATTCCAGACCTGTCGAATCTACCACTGCAACTGCAAACTCACTGGTTCAGCGTGATGCTGATGGTAATTTTGCTGCTGGTACAATTACTGCAAACCTGATTGGTAATGCTTCCACCGCTCAGAGAATTGCTACCACCCGTCAAATTCAATTATCTGGTGATCTTGTCGCTACTGGAACTTTTGATGGTAGTTCCAACCTGAATCTCAACTCTACACTAGAGATTCTGAATACCTTACCTCACTATGATGCAGGTAATGCTAATGCTACTGGTACATATACTAAAGTTACAGTAGACTCTAAAGGTAGAGTTGTTAATGCAACTACACCATCAACTCTTGCAGATTATAACCTTAATGGTACTGTAGAAGGTTCTTCTGCTCAACCATATGACCTTGATTTGGTTGCAATTGCTGGACATACTGGTACTGGTTTGTATGCCAAGACATCTACTGGTAATGTAGCAACTAGAACTATTCAAGGTACTTCTACTAGAATTCAAATTAATAATGGTTCTGGTGTTGCTGGTGATCCTACTATTGATATGATCACGACTGCTGTTCAGGCAGGTAACTATAATACTGAATCCCTGACATCAGTATCTGCTGCAGGCAGTAACAGCGAACCATATGGCACACAAACTGTAAACGCTACGAAATTTACAGTTGATGCTTATGGTAGATTAACCAGTGCAACAAATGTACCTATTGCTACTGCTACTGAGGGTAGTAAATATGCTAACTATGATGCAGGGACTGCTTATGTCAGATATGACATCATCCAAAATGCATCAAAGGTTTACCAAGCACTTACATCAATTAATGCTGGTGCTGGTGCTCCTACTCATTCCAGTGGCGATACTGGAGGTTGGCGCTACCTCGCGGCTGAAGCAACGGAACAGAAGGGACTGGCTAGTTTTGCACAGGAAGATTTCGACGTTGACTCAAACGGGCACGTTACCATCGCCGCCGCAGGCGTAGACAATACACAACTTCAGAATAATAAACTGATTTTTACTGATGGTAATGCAGTAGAAAACTTTGAACTTGATAATGAACTTACAACCTCTACAGCAAATACTGGTTTCAATCGCCTCAACTTTATCAAGATTAATGATACAAGTGGCAACTTATTGTTTGGCGCTAATAATACAGGGGATAGTGGCGCTGGTGAGATTGATGTCAACGTCCGTTCCTATTTTTCTGATCCTGATATTACTCTTGATGGAGCAACTGCTCAGACATTGGATAAGACTGGGGATGGTAACCTTACCTTCCAGTTAACTCAAGATTCTTCATCTGCTAGAAACCTTAGCATCCTCTCTACAAATGCTGGATCTGGTACAAGCACAGTTACAATCACCGCAGAAGATGTTGTTGACATCGATGCCTCTGCTGCAACTGGTAAGGTTCATGTAGAAGATGCACGCTTCCAAGATAATTACATCGCCACAACTAATGCGACGATGAATCTTGACCCTGGCGATGATCGTGCCGTCTCTGGTACAGTTCGCGTTTGGGGTGATCTCCAAGTTGATGGTGTAACGACAACTGTCAACTCAACAACAATGACAGTAGATGATGTTGTCCTTACCCTTGGTGGTGATACTGCTCCTTCATCTGATGACAACCTCGATCGTGGTGTTGAGTTCCGTTATTATGATACCCAAGCACGTTTAGGTTTCTATGGTTGGGATACTAACTATACTGATCTGGGTGGTCATGAAGGTGGTTATCGTTTCCTTCACGCTGCTACAAATACTTCCGAAACTTTTGCTGGTACTGATTCTGGTATTATTGCTGGTAACCTTAAGTTAACAACTAACACCAACTCCACTTCTAATACAACTGGCGATCTTGTAGTTGCTGGTGGTGTTGGTATTACTCAAGATGTAAATATCGGTGGTCTGTTAGATGTTGATGGTACATTCCGTGCTAACAGCACTTCCCGTTTTGATGACAACATCGTTCTGCAAGGTGCATCCAAGACTCTGCAACTGAATAATGGTTCTGGAACTACGAAGATTGAGTTCCAATCCACAACTGGTAATGCAAGTATTGGTGGTGTAACTGATGTAACTGGTAACTTTAACGTCAACACTAACAAGTTCAACGTTGTTGCTTCTTCTGGTAATACAACTATTGCTGGCACTCTGGGTGTTACTGGTGATACAACTCTGACTGGTGCTTTGGATGCAAACAGCACAGTTAATGTTGCTGGATTTACTCGTCTTGAAGACACTAATGAACCTAGTATTGCCTTAAATGGTGGCACTGGTTTATATGAAATTCAATCCAGTGATTATGGTGCATTCCGATTTGATGGTGGTGGATATGTTGAAGGCGACACTATGTTCAATAGTGACCTTTACATCAATGGTTTTATCAGACAGAAAGAAGACGTAACGGCAACCTTCAACACGCAAAACTACTTGCAGGTTCGTTATAAGTTCCGTACTGGTACATCTGCTGCATATACTCCTGCATACGCACAAGACAATACATCAAACCTGAGAGTTTATGGTGGTGCTGGTATTGCAACTGATCTTCATATTGGTGATGATCTGTATATCGGTAAGTTGAATAGTGGCGACAATGTTGAGTTCCAAGTTCTTGGTGAGTCTGGTAATACAACTATCGGTCGTTCTGGAGCAGGTACTTCATCTGTTGGTACTTTAACCGTTTATGGTGATACTCTCTTAGATAGAGATCTGACAGTCAATGGTGATATTACTCTTGGTAATGCAAGTAGTGATGTTCTGACAATCAATTCTGATACTACATTCAACGATGATGTAAAAATCAATGGTGACAACCTAACGTTCACTATCGAAGCACAGAATGGTACTGATGCATTTGTTGTTGATTCTGACAACGGCAATACAACTATTGCTGGTACGTTAGATGTAGATGATGCAACAACAATTACAAACACTCTGAATGTCACTAATGGTGTTGACTTTGATAGCACTCTGAATGTTGATGGTCAGACTGATCTAAATGGTGCCTTGATCGTTGATGGTGCTACTACAATCAATAATAGTCTCACTCTCAATAAAGCAAGTGGCAACCTCTTGATTCAAAATGGATCTGGAGTAACTAAGTTTAGTGTAGACACAGACAACGGCAATACTGACATTCAAGGCACTTTCAATGTTGAGGGTGCTACCACTATTGATGATACCTTGGGAGTAACTGGTATCACCTCATTTACCGACAACACTGATCAATCTGTTGGTGGCAATAATTATTCTGCAGATGGTTCTGTTCGTCTTACTGGTGGTCTTGGTGTTGCCAAGAATCTTGCAGTTGGTGAAGACTTTACAGTTTATGGTAACTTTGTTGTAAAAGGAAATACCACTCAGACTGGTACTACAGTTTACAACAACACAATTGAAATTTCTAACACTCAGGATGCAACGTCCTTTGCTGATAATTCAGTATCTCTCACCACTGATGGTGGTGCAAGAATTAGTAAGAATACTTGGGTTGGTGGAGATTTTTATGTTTGGGATGATGCAAATTCAAGAAATGCCTTCTATGTTGATGTAAGCACTGGTGATGCTACATTGCATAATAATATGACCATCGGTGGCGATCTTGTAGTCAATGGAACAACGACAACTGTTAATAGCACGATCACTACTCTCGATGACCCTATTATCACTTTGGGTGGTGACACAGCACCCTCGTCTGATGATGCTAAGGATCGTGGTGTTGAGTTCCGTTATTACGACAGCACTGCTAAAACTGGGTTCTTCGGACTTGATAGATCCTCATTAGAATATGTTTTCTTATCCAATACATCTAATTCAAGTGAAGTTATTACTGGTACAGATGGCGATCTTCGCGCTGGTTCTCTACATCTTACTGGGTCTGGCACGACTCTTGATGTTGATGCCAATGCCAATATTGATGGCACCCTGACAGTTGATGGACAGATTACCTCTAATGTTTCTACTGGAACACCTCCTCTGGTTGTTGCTTCCACAACGAAAGTCAATAATCTGAACGCTGATCTTCTAGATGGTTTCACTACAGATTCCACAGCAAATGCAAATACAATTGTTCTTCGTGATGCTAGTGGAGATTTTGCTGCTAATAAAATTACAGTTGCTACTGGAACTGGATCTGGCGCTGGTATTCAAGGTAATGCTCTTACAGCAGACACACTTAAGACTGCACGCACTATCACAGTTGATGGCGTTGTAAATGGCAATGTCTCTTTCAATGGAAGTGCAGATGTAACCATCACTACCACATATGACGATGCAGATATCACTGCTCTGGCAGCACAGGCAGGCACTGGTTATATGGTCAGATCTGCTGCCAACACTTATGTACATCGTACATTTGCAGTTACCTCTGGTTCTGGTATTACACTGACAAATGCTGATGGAATTTCTGGAAATACTACAATCAACGTTGCGTCGTCGGCATCTTCAACTCCTGACAACCTGGTTCTTCGTGATGGTTCTGGTGACTTTGCTGCTAACGTCATTACGATGGCAACAGCAACAATCTCTGGAGCAGCGACCATTGGCACAACCCTGGGTGTTACAGGTGCAACAACTCTGAGTTCTACTCTGGGTGTTACAGGTGCAGCAACATTGAGCAGCACTCTGGCAGTCACTAGCAATGCTACAATTGGTGGCACACTGGGTGTAACTGGTGTTTCTACTCTTACAGGTCTTCTGAATGCTAATGGTGGTATTGCAGTTGACACGAATAACTTCACAGTCAATGGAAGTACGGGTTCTGTCGTTACTGCAGGCACGTTAAGCGTTGGTAGTACATCTGCCTTTACTGGTGCTATCACGGCATCTGGAGGCGTTGTGGGCGCTCTCACAGGCAA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Genome Context

Genome Context

Tertiary structure

PDB ID
ffa2b46f8e2bfdecfca1d3d910ee736cf3d4640474e2dd38bb57700e35793d87
ColabFold
Source ColabFold
Method ColabFold
Resolution 0,4907
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
The Genome Sequence of Cyanophage Syn30 Henn,M.R., Sullivan,M.S., Osburne,M.S., Levin,J., Malboeuf,C., Casali,M., Russ,C., Lennon,N., Chapman,S.B., Erlich,R., Young,S.K., Yandava,C., Zeng,Q., Alvarado,L., Anderson,S., Berlin,A., Chen,Z., Freedman,E., Gellesch,M., Goldberg,J., Green,L., Griggs,A., Gujja,S., Heilman,E.R., Heiman,D., Hollinger,A., Howarth,C., Larson,L., Mehta,T., Pearson,M., Roberts,A., Ryan,E., Saif,S., Shea,T., Shenoy,N., Sisk,P., Stolte,C., Sykes,S., White,J., Yu,Q., Coleman,M.L., Huang,K.H., Weigele,P.R., DeFrancesco,A.S., Kern,S.E., Thompson,L.R., Fu,R., Hombeck,B., Chisholm,S.W., Haas,B., Nusbaum,C. and Birren,B. 2011-09-23 — GenBank