Protein

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Genbank accession
YP_007674375.1 [GenBank]
Protein name
baseplate wedge subunit
RBP type
TF
Evidence UniProt/TrEMBL
Probability 1,00
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,95
Protein sequence
MQYVSGRKINQDFGVPGITTNDTVVNVDGRIAVGIGTSATTDIDTNQIRIRDNIIDSRGVIGSMGYFLTKDVEGLTWTNVPPLGNNSIFLAEDGDILNNIGLQTYTGLNFISDQLLGITTNPDNPGFADIRIDPRWYRDRTPGGGGGIYTTGTVGIGLTQPRLGNVGVLTDVKLDVLGDAIFSGIISASSFIGEFNVDTQDLNVSGIASFNGNTDNVIGDTNTGIVQIDGGVGIDKNVSIGASLDVNNLLTVGSAVTIGNGIVSATTGDFTNLELDNLNVSGFSTFGDIARFNSEVNIFDDLFVSGNISVGGTGVTLDTETIRIEGKELLIGFTTTITPNDTTANAAGIAVASTEGYFLVDLQVPGINTTPNTYKQIKWFKNGTFVGQGTDAFISNQPISIGRTQIQNGQLFAVGNSINFTEDEITAPTFVGNLTGTASTASFATTAFNLSNAANITTGTISSDRLTGSYDIDITGTATTAFNLSDAANITTGTISSDRLTGSYDIDITGTATTATNLADAANITTGTISSDRLTGSYDIDITGTATTATNLADAANITTGTISSDRLTGSYDIDITGTATTATNLADAANITTGTISSDRLTGSYAIDITGTATTATNLSNAANITTGTISSDRLTGSYSIDITGTASTASFATTAFNLNGVVASNLNVAFAQTAGIATNLVGGVAGQISYQTAPNVTGFLTTGPSNQVLTSQGPGIAPIWTAVGSASAIEGITVRDEGSIVGGSGSISTLNFKGNGVIATATAGGNIATITISQSVDGSGGIANTATNLADAANITTGTISSDRLTGSYGIDITGTATTATNLSNAANITTGTISSDRLTGSYDIDITGNAGTASTASFATTAFNLNGVVASNLNVAFAQTAGLSTETTKLQTSRTFEITGDVVASPITFDGTGNVSLAATIQPNSVGLGTDTFGDYVKSITGTSNEVTVSVTSGEGSTPQIGLPSDVTIGQDLTVTRDVEINRNLNVNGNITIGGTSATLFTQTLTVADPDLILGVRTDALGNDISTDNTANHGGIAIASTEGNPLITLTNPGAGETLPSTYKKIMWFKSGSFSGLGTDAWLSNYAIGIGSTQFPTGTRLAAGSVQFTENDLAAVRNINSSGIVTASVGFEGNLTGTASTASFATTAFNLNGVVESDLNVATATTATNLSNAANITTGTISSDRLTGSYDIDITGTATTATNLSNAANITTGTISSDRLTGSYDIDITGTASTASFATTAFNLDGFVESNLNVAFAQTAGIATYTSEWILETGNGSDYGISGPGLTGTENDPTFYLTRGEQYKFTNNTGGHPFRIQSTPNGSVGTQYNDGITNNNAGNGTTLLWNVQFDSPDILYYQCTTGGHGGMGGKIYIVNAGIASDVNLFTTGIATIGSVQINAGIVTATSGIVTYYGDGQYLQNISSSGGISSITISNNTLDQSQYLTYAVSTGNTTGLGVTTEGLVFNPFTGRMGIGQTLPQAKLDINVGTGLTALNIEGSEGQLFSITNNLTSGSIFSVNDVSGIPSIDVDADGTIQLAPFGSTEYVGIGTTNPTQKLDVNGNIRLRGALYDNSNGIGATNQVLTSTGSGISWQDAAVSGVGIQSGGTVIGTGITTLNFVGAGNTFALNGNTVDISIVTSDTTRTVNTYTATSAQTTFSATYNVGYVDVFLNGVKLSENEYTATNGTSIVLDTGASLNDIVEVVGYSNINISGSTPDISPIMMGMIF
Physico‐chemical
properties
protein length:1727 AA
molecular weight: 176159,89830 Da
isoelectric point:4,05003
aromaticity:0,06601
hydropathy:0,05153

Domains

Domains [InterPro]
DC_0856
STR
1105–1718
DC_0856
IPR008972
STR
1295–1375
IPR008972
YP_007674375.1
1 1727
Architecture
STR
STR 1105-1718 |
Legend: ATT STR RBD CBM LEC ENZ CHP LNK TAS TTP UNK Unmapped

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Synechococcus phage S-SKS1
[NCBI] 		754042 Uroviricota > Caudoviricetes > Llyrvirus >
Host Synechococcus sp. WH 7803
[NCBI] 		32051 Bacteria > Cyanobacteria > Oscillatoriophycideae > Chroococcales > Synechococcus >

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
YP_007674375.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
NC_020851 [NCBI]
CDS location
range 9990 -> 15173
strand -
CDS
ATGCAATACGTATCAGGAAGAAAAATTAATCAGGATTTCGGTGTTCCTGGTATTACTACAAATGACACGGTAGTCAATGTAGATGGAAGAATTGCTGTAGGTATTGGAACTTCGGCAACTACCGATATTGATACAAATCAAATTAGAATTAGGGATAATATTATTGACTCCAGAGGAGTCATCGGGTCAATGGGATACTTCCTTACGAAGGATGTAGAAGGATTAACTTGGACAAATGTTCCCCCACTTGGTAATAATTCTATCTTTCTTGCTGAAGATGGGGATATTTTAAACAATATTGGATTACAAACTTATACTGGACTTAATTTTATATCCGATCAGTTGTTGGGAATAACAACTAATCCTGATAATCCTGGTTTTGCTGATATAAGAATTGACCCTAGATGGTATAGGGATAGAACGCCTGGTGGTGGAGGAGGAATTTACACTACAGGAACAGTTGGTATTGGTCTCACACAACCTAGACTTGGAAATGTTGGAGTTCTTACTGATGTAAAACTGGATGTTCTTGGAGATGCGATATTCTCTGGTATTATAAGCGCATCATCTTTTATTGGTGAGTTTAATGTTGATACACAAGATCTTAATGTATCAGGTATTGCCTCATTTAATGGTAATACTGATAATGTAATAGGAGATACTAATACTGGTATTGTCCAAATTGATGGTGGAGTAGGGATTGATAAGAACGTAAGTATTGGAGCAAGTCTTGATGTTAATAATTTACTAACTGTTGGCAGTGCAGTTACTATTGGTAATGGTATTGTAAGTGCTACAACGGGAGATTTTACAAATCTTGAATTAGATAATCTTAATGTATCTGGATTTTCTACATTTGGAGATATTGCAAGATTTAATAGTGAAGTTAATATATTTGATGACCTATTTGTTTCTGGTAATATTTCTGTTGGAGGAACAGGAGTTACATTAGACACTGAAACTATTCGTATTGAGGGTAAGGAACTATTAATTGGATTCACTACAACAATTACTCCAAATGATACTACGGCAAATGCTGCGGGTATTGCAGTTGCATCAACAGAGGGTTATTTTCTTGTAGATTTACAAGTTCCTGGAATTAATACCACACCTAATACCTATAAACAAATTAAGTGGTTTAAGAATGGAACATTTGTTGGACAAGGCACTGATGCATTTATAAGTAATCAACCAATAAGTATTGGTAGAACACAAATTCAAAATGGACAACTTTTTGCTGTTGGCAATAGTATTAATTTTACCGAAGATGAAATAACTGCACCAACTTTTGTAGGAAACTTAACTGGAACTGCATCAACGGCATCTTTTGCTACAACTGCATTCAACTTATCTAATGCTGCTAATATCACTACAGGAACTATTAGTAGTGATAGATTAACTGGTTCTTATGATATTGATATTACTGGCACTGCTACAACTGCATTCAACTTATCTGATGCTGCTAATATCACTACAGGAACTATTAGTAGTGATAGATTAACTGGTTCTTATGATATTGACATCACTGGTACTGCTACAACTGCTACTAACTTAGCAGATGCGGCAAATATCACTACAGGAACTATTAGTAGTGATAGATTAACTGGTTCTTATGATATTGATATTACCGGAACAGCAACTACTGCTACTAACTTAGCAGATGCTGCTAACATAACCACAGGAACTATTTCTTCTGATAGATTAACTGGTTCTTATGATATTGATATTACTGGTACTGCTACAACTGCTACTAACTTAGCAGATGCTGCTAACATAACCACAGGAACTATTAGTAGTGATAGATTAACTGGTTCTTATGCTATTGACATCACTGGTACTGCTACAACTGCTACTAACTTATCTAATGCTGCTAATATCACTACAGGAACTATTTCTTCTGATAGATTAACTGGTTCTTATTCTATTGACATCACTGGTACTGCTTCTACTGCATCTTTTGCGACTACTGCATTTAATCTTAATGGTGTTGTGGCATCAAATCTTAATGTTGCCTTTGCTCAAACAGCAGGTATAGCAACTAATCTTGTTGGTGGAGTAGCAGGTCAAATATCTTATCAAACCGCACCTAATGTTACTGGATTCTTAACAACAGGACCATCAAATCAAGTATTAACTTCTCAGGGTCCTGGGATAGCACCTATATGGACTGCTGTTGGATCTGCTTCGGCAATTGAAGGCATAACCGTCAGAGATGAAGGTTCAATTGTAGGAGGTTCTGGTAGTATTTCTACATTAAACTTTAAAGGTAATGGAGTCATAGCAACTGCAACTGCCGGTGGAAATATTGCCACAATCACTATTAGTCAAAGTGTTGATGGTTCTGGTGGTATTGCTAATACTGCTACTAACTTAGCAGATGCTGCTAACATAACCACAGGAACTATTAGTAGTGATAGATTAACTGGTTCTTATGGGATTGATATTACCGGAACAGCAACTACTGCTACTAACTTATCTAATGCTGCTAATATCACTACAGGAACTATTTCTTCTGATAGATTAACTGGTTCTTATGATATTGACATCACTGGCAATGCTGGGACTGCTTCTACTGCATCATTTGCTACCACAGCATTTAATCTTAATGGTGTTGTGGCATCAAATCTTAATGTTGCCTTTGCACAAACAGCAGGATTATCTACCGAAACAACAAAACTTCAAACTTCAAGAACTTTTGAGATTACTGGTGATGTCGTTGCCTCACCAATCACTTTTGATGGCACTGGTAATGTATCACTCGCAGCAACAATTCAACCTAACAGTGTTGGACTTGGCACAGATACTTTTGGTGATTATGTAAAATCAATAACGGGAACTTCAAATGAAGTCACAGTATCAGTTACTTCCGGTGAAGGTTCTACCCCACAGATTGGACTTCCTAGTGATGTAACAATCGGTCAAGATTTAACAGTTACAAGAGATGTTGAGATTAATCGTAACCTGAATGTCAATGGAAATATTACTATTGGGGGTACATCCGCAACATTATTCACCCAGACATTAACTGTTGCTGACCCTGACCTTATTCTTGGAGTAAGAACGGATGCACTTGGTAATGATATTTCTACCGATAATACTGCAAATCACGGTGGTATTGCAATTGCATCAACTGAAGGAAATCCATTAATTACACTTACAAATCCTGGTGCTGGTGAAACACTTCCTTCCACATATAAGAAAATTATGTGGTTTAAGTCTGGAAGTTTCTCTGGACTTGGAACTGATGCCTGGTTAAGTAATTATGCGATTGGTATTGGATCTACACAATTTCCAACAGGAACAAGACTTGCTGCTGGAAGCGTTCAGTTTACTGAGAATGATTTAGCAGCAGTAAGAAATATTAATTCTTCTGGTATTGTTACTGCTTCTGTCGGATTTGAAGGAAACTTAACTGGTACTGCATCAACAGCATCTTTTGCTACCACTGCATTTAATCTTAATGGTGTAGTCGAAAGTGATCTTAATGTTGCAACTGCTACTACTGCTACTAACTTATCTAATGCTGCTAATATCACTACAGGAACTATTTCTTCTGATAGATTAACTGGTTCTTATGATATTGACATCACTGGTACTGCTACAACTGCTACTAACTTATCTAATGCTGCTAATATCACTACAGGAACTATTTCTTCTGATAGATTAACTGGTTCTTATGATATTGACATCACTGGTACTGCTTCTACTGCATCTTTTGCGACTACTGCATTTAATCTTGATGGTTTTGTAGAATCAAATCTTAATGTTGCCTTTGCACAAACAGCAGGTATAGCAACTTATACTTCCGAATGGATTCTGGAAACTGGAAACGGTAGTGATTATGGAATTAGTGGACCTGGATTGACAGGAACTGAAAATGATCCTACTTTTTACTTGACAAGAGGAGAACAATATAAGTTTACTAATAATACCGGTGGGCATCCTTTTAGGATTCAAAGTACTCCAAATGGATCTGTAGGAACACAATATAATGATGGCATCACTAATAATAATGCTGGAAACGGAACAACTTTATTGTGGAATGTTCAGTTTGATTCTCCAGACATTCTTTATTATCAATGTACCACTGGTGGACACGGTGGAATGGGAGGTAAGATTTACATTGTAAATGCAGGTATTGCATCTGATGTAAATCTTTTCACAACTGGTATAGCAACGATTGGAAGTGTTCAAATTAATGCTGGTATTGTAACTGCTACTTCTGGTATCGTTACTTATTATGGTGATGGTCAATACCTTCAGAATATTAGTAGTAGTGGTGGTATAAGTTCTATAACAATCTCTAATAATACATTAGACCAATCACAATACTTAACATACGCAGTATCAACAGGAAATACAACTGGACTGGGTGTCACTACAGAAGGTCTTGTCTTTAATCCTTTCACTGGAAGGATGGGTATTGGTCAGACATTGCCACAGGCAAAACTTGATATTAATGTTGGAACTGGACTGACTGCACTTAATATAGAAGGATCTGAAGGTCAATTATTCTCTATTACTAACAATCTGACTTCTGGAAGTATCTTCTCAGTCAATGATGTATCAGGTATTCCAAGTATTGATGTAGATGCTGATGGGACTATTCAACTAGCACCTTTTGGTAGCACTGAATATGTTGGAATCGGAACCACAAATCCAACACAAAAACTTGATGTTAATGGAAACATTAGACTTCGTGGAGCACTATATGATAATTCTAATGGTATTGGTGCTACTAATCAGGTATTAACATCAACTGGTTCTGGTATTTCTTGGCAAGATGCTGCAGTATCTGGTGTTGGTATTCAATCCGGTGGTACTGTCATTGGAACTGGAATCACGACATTAAACTTTGTTGGTGCAGGAAATACTTTTGCTCTTAATGGAAATACAGTTGATATTAGTATTGTTACCAGCGATACTACAAGAACTGTAAATACTTATACTGCAACATCTGCTCAAACAACATTCTCTGCAACTTATAATGTTGGTTATGTTGATGTCTTCTTGAATGGTGTTAAGTTGAGTGAAAATGAATACACGGCAACAAATGGAACATCTATTGTACTAGATACTGGAGCATCATTAAATGATATTGTGGAAGTGGTAGGTTATAGTAATATAAATATATCAGGATCAACTCCAGATATAAGTCCAATAATGATGGGAATGATATTCTAA

Genome Context

Genome Context

Tertiary structure

PDB ID
2c209d9ccfd26d9b74dd0e00a296f5493dd2157578ea85e71434326147246ef9
ColabFold
Source ColabFold
Method ColabFold
Resolution 0,5328
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
The Genome Sequence of Synechococcus phage S-SKS1 Henn,M.R., Clokie,M., Levin,J., Malboeuf,C., Casali,M., Russ,C., Lennon,N., Chapman,S.B., Erlich,R., Young,S.K., Yandava,C., Zeng,Q., Alvarado,L., Anderson,S., Berlin,A., Chen,Z., Freedman,E., Gellesch,M., Goldberg,J., Green,L., Griggs,A., Gujja,S., Heilman,E.R., Heiman,D., Hollinger,A., Howarth,C., Larson,L., Mehta,T., Pearson,M., Roberts,A., Ryan,E., Saif,S., Shea,T., Shenoy,N., Sisk,P., Stolte,C., Sykes,S., White,J., Haas,B., Nusbaum,C. and Birren,B. 2011-09-23 — GenBank