Protein

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Genbank accession
XVB93939.1 [GenBank]
Protein name
tail fiber protein
RBP type
TF
Evidence Phold
Probability 1,00
Protein sequence
MAKDDFDDWGDDPFAGDIDFDFDFDNAPKKGFFASMGSGFLSELHSGTIGSSEGRLRTAKMLLPKSFGTVFDLKREFDWKKQEILSEVKAGSKDMVEDLQAIAQMTLDRHGDKVPNKIAQGLETFSNKDFSHWDQGGYTPSDPSMGDVDDEGLSEFITGVTAQQTGTMVGIGRAINSMTAVVGGRQLAQQQATNSLLGGISTTLQGILRYQNKIQAKNDAVKINLLARMHLTNAKYYKFMEASMHRQIDELKKITLNSGKSDYEKTSLAMAAKGRLRDSIFSTIGHRSGGVMGYLSETFGKEAREGMLSGLSGMVGAGRMGMEMSEGMGLNMGTIIGQMLANEVIENGPAFFKSGQGAKLINKLETLYPKEAKNIRRQYRKLEQLGSVLSYAGTNAAGLAGTILRNNANYEEDFSTYDDYLDSLAPGEKPLSESAWRLKQTGKNFLGNRLNDLSFNINDSRGKQYELKKRNLMDLTQPSYWSGQSDRTLNEIIPGWFAKLHLSLEKIRTGNDNLKEERFDYHSGKFLSHKQTQNAVKRNLLNGREFSGLASGTSDMVSAIDKNGTLSPEAKRFLSYRLARDVDQDKGFNPFNYFGMEDEEGLTPSVRKEIEQVMRGSFRLTDQHIEAAKQSGVTGIKAQLIMPTAKSKRLAADLSLRAKNLKGYLPNISQQIDLLRNAGYDPLLREMNLINSENGSDFFNTDAIWDRLKSELNGNEGLIEEDDVGPLPTRGGMGGGNSKTIINNRRGLSGKDSGKLVTALSELTEQLKLGIPGRQDGNGLSPEQVKSLTDSVMGIRDINQEQLEVLKQILSRQPAEVNKPKTDAEDAADTAQKKTILDRIKSLGGIKDIFSAGMDKLLAHEPLMLGGMLGGLAGLAIHDPKTAALIGGGAAAWALYTKVRSMADARDVSDDEDIYDGESEDPILEARKLRARQYYDKVLKKIITSWKEIKGSIVDLGTKVVISAKRLSGKLFSAEGKAVVLRGLNAVKSAGLKLFNWLDPLNRLKGIGQGITNRITQMDVYRVGEDSPVLTRKGFENGKYFKRLNGSVVPVKGWRDIDGPVYDENGDVIITQAEYEDGLITSGGMKIESLKRMTGVMGGKLLDLGRKLGDRAKGYGKRAGDKINDLVTADYTPITNSVDRIYALLCRKFGYDINDMPDIKADIVNETSRMGNTDDVRLNSLEDKERKAKAERESRYQDAIIDLAGRGEGERGSGSPDEEKKGGGFLNGLLGFVKNPMGTILGGVAGLGVKLSKFLTLGITTLPAIVGGLTSLAKILTVGLLGRRASDGVDDIVDAAGGASGGRRGRRTRGGRVGRGRAFKFGLAGLATAGLGMYLDSTNEEHEGTNWKDVASNTLTAASAVSLGSSAMSAMGINLGIGSAIASGASAAGSAIVSGTGALATAVAPLLFNPVTLGIGAVAGAGYLVYKYYAKGKGSQFKLRMAQYGIKDVESDLAAKVRSAEEALREYVVVTAGVASIAKSAPLEQIFQSFIPQANDKGQQQAYFTWFNLRFKPIFLTYASAIDTAGYRDFETFDKSTDAKLYSTVSTINDRIGTINPYPYQIAAQFDEATPIMGKDQTINQVRLYLDELKSFNERHGRTAEGIEKEGVVTMKTSAEQVEKSEKAGWWSSLKMRVGGTYEDRSDIEEINKRYPVTKSVMEINITDLLPGGDKPLAGITALRLAAYGDTEHIPWRVEAVLKLERYCEDYISVIGNDARFTSTTGAVYNLFKNSFRITDDQANQWCTWFRDRFLPVCMAWVKYVRIMRGVKPSAGWKSMTATNAFDFAKELLGLKVNIGKTPTSVWEVKWSPFPNTTSGSITPQVKAIINNLDTAAKYAKLNYGDKEVKASGPKEVVPYTSAHSMGEGGLNQAVATAATSDNVIAGGQPVINYKPITGNTDTSTVDLSGVAPVGGSGGGDKGVSVPQKAAEQLIMKEMIKAGFTDPRLIAEMLALANFESGGFKNTAENMNYKPGRLLEIFPGRVKSMGQAQQIVAGGPQAIANAVYGGRMGNSGPNDGWLYRGRGFIQLTGKDNFRAASQYAGKDLVKNPELVSTDPEVMAKTLIWYLSNGGTGKRLQSIVKNNSFEYAAQGLNPNGLPDMPARTRLYQQYMKRLTSNELTVDPNAGTEPSSSGESVPSSVSSVSPDAKPPTMKSENVGTANSVAAVSAVTSPSVNQGPKPIGAVPSTPVSEGTVAYKSDPANPLNRVKVPTEQSTSAPPTPLAKPVQQPDPGTIAQVQAQGRTNDLLAQLLKEIQNQKAPDPRMGYTSK
Physico‐chemical
properties
protein length:2268 AA
molecular weight: 245573,36450 Da
isoelectric point:8,84901
aromaticity:0,07143
hydropathy:-0,39638

Domains

Domains [InterPro]
DC_0124
STR
1–2061
DC_0124 DC_1350
Coil
Unmapped
1446–1466
Coil G3DSA:1.10.530.10
IPR023346
STR
1933–2114
IPR023346
IPR000726
ENZ
2015–2066
IPR000726
XVB93939.1
1 2268
Architecture
STR
RBD
STR 1-2114 | RBD 2115-2268
Legend: ATT STR RBD CBM LEC ENZ CHP LNK TAS TTP UNK Unmapped

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Raoultella phage VB_ZK_P1
[NCBI] 		3425683 Viruses > unclassified bacterial viruses >
Host Raoultella ornithinolytica
[NCBI] 		54291 cellular organisms > Bacteria > Pseudomonadati > Pseudomonadota > Gammaproteobacteria > Enterobacterales

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
XVB93939.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
PV662128.1 [NCBI]
CDS location
range 224790 -> 231596
strand -
CDS
ATGGCTAAAGATGATTTCGACGATTGGGGAGACGACCCGTTCGCCGGCGATATAGATTTCGACTTCGACTTCGATAACGCACCTAAAAAAGGTTTCTTTGCGAGCATGGGGAGTGGTTTTCTCAGTGAGCTCCACAGCGGTACGATAGGAAGTTCAGAAGGTAGGTTGAGAACGGCTAAAATGCTCCTCCCAAAATCATTTGGGACTGTCTTTGATTTAAAAAGAGAGTTTGATTGGAAGAAGCAGGAGATCCTAAGTGAGGTTAAAGCCGGATCAAAAGATATGGTGGAAGATCTCCAGGCAATTGCTCAGATGACCTTAGACCGCCACGGCGACAAGGTTCCTAATAAAATTGCCCAGGGGTTGGAGACCTTCAGTAATAAGGACTTTAGCCATTGGGATCAAGGGGGATACACTCCTTCTGATCCAAGCATGGGTGATGTTGATGACGAAGGGTTGAGTGAGTTTATTACCGGGGTCACAGCTCAACAGACAGGAACGATGGTGGGTATTGGGCGGGCTATCAACAGCATGACTGCGGTAGTTGGCGGTCGTCAATTAGCCCAGCAGCAAGCAACCAATTCCCTGTTAGGCGGAATCTCGACCACTCTTCAAGGTATTTTGCGTTACCAGAATAAAATCCAGGCTAAGAACGATGCGGTTAAAATCAACTTATTGGCCAGGATGCATTTAACCAACGCTAAATATTACAAGTTCATGGAAGCCTCGATGCATCGTCAGATTGACGAGCTTAAAAAGATCACCCTTAATTCAGGTAAGAGTGATTACGAGAAAACTTCCCTGGCCATGGCGGCTAAAGGCAGATTACGCGATTCCATCTTCTCCACAATTGGACATAGGTCCGGCGGGGTGATGGGTTATCTGTCCGAGACTTTCGGTAAAGAAGCCAGAGAAGGGATGCTTTCTGGTTTAAGCGGAATGGTTGGCGCTGGTAGAATGGGGATGGAGATGTCCGAGGGAATGGGTCTCAATATGGGAACCATTATCGGGCAGATGCTAGCTAACGAGGTCATCGAGAACGGCCCAGCTTTCTTTAAATCCGGGCAGGGTGCTAAGCTTATTAACAAACTCGAGACCCTCTATCCAAAAGAAGCCAAGAATATCCGTCGGCAATACCGCAAGTTGGAACAGCTGGGTAGCGTTCTGTCATACGCCGGAACTAACGCGGCTGGTTTAGCAGGAACGATTCTCCGCAATAACGCTAACTACGAAGAAGACTTTTCTACCTACGACGATTACCTTGACTCACTTGCTCCCGGTGAAAAACCATTAAGTGAAAGTGCGTGGCGTTTAAAACAAACAGGTAAAAATTTCCTGGGAAATAGATTAAACGATCTTTCTTTTAATATCAACGATTCCCGTGGTAAACAGTACGAACTCAAGAAACGTAACTTGATGGATTTGACTCAGCCCAGCTACTGGAGCGGTCAATCCGATCGTACGTTAAATGAGATCATTCCTGGGTGGTTCGCTAAGCTTCATCTAAGTCTGGAAAAAATTCGTACGGGTAACGATAACCTGAAAGAAGAACGTTTCGATTACCACAGTGGGAAGTTCTTAAGCCATAAACAAACCCAAAACGCCGTTAAGCGTAATCTGTTGAACGGCAGAGAATTTAGTGGACTGGCCTCAGGTACGTCCGACATGGTTTCCGCTATTGACAAAAATGGAACGTTGTCACCAGAAGCTAAACGTTTCTTATCCTATCGTTTGGCGAGGGACGTCGACCAAGATAAAGGGTTTAACCCGTTCAACTATTTCGGGATGGAAGACGAAGAAGGATTAACCCCCTCTGTTCGTAAAGAAATTGAACAGGTGATGCGGGGATCATTCAGACTAACTGATCAGCATATTGAAGCGGCTAAACAATCCGGGGTGACTGGCATTAAAGCTCAGCTGATTATGCCCACTGCTAAAAGTAAACGTTTGGCGGCCGATCTTAGCCTGCGAGCCAAAAACCTCAAAGGTTACCTCCCTAATATTTCTCAGCAAATCGATTTGTTACGAAACGCTGGTTACGATCCACTATTAAGAGAAATGAATTTGATTAATAGTGAAAACGGGTCAGATTTCTTTAACACCGATGCGATATGGGATCGATTAAAATCAGAGCTTAATGGTAACGAAGGGCTTATCGAAGAGGATGACGTAGGTCCTCTCCCTACTCGTGGTGGAATGGGTGGGGGTAATTCGAAAACCATTATCAATAACCGTCGCGGGTTGTCCGGGAAGGATTCCGGCAAACTGGTTACCGCCCTATCGGAACTCACCGAGCAGCTTAAACTCGGGATTCCTGGTAGACAAGACGGAAATGGATTAAGCCCAGAGCAAGTTAAATCTTTAACGGATTCTGTAATGGGAATAAGGGATATTAATCAGGAGCAATTGGAAGTCCTAAAACAAATCCTTTCTCGTCAGCCAGCCGAGGTGAATAAGCCCAAAACTGATGCTGAAGATGCCGCTGATACCGCACAGAAGAAAACCATCCTCGACCGCATTAAAAGTCTTGGTGGGATTAAAGATATTTTCAGTGCGGGCATGGATAAACTGCTGGCTCACGAACCACTGATGCTGGGTGGGATGTTAGGTGGGTTAGCGGGATTGGCGATCCACGATCCCAAAACGGCAGCGTTGATCGGTGGCGGCGCTGCAGCCTGGGCGTTATATACCAAAGTTCGTAGTATGGCGGACGCCAGAGACGTCAGTGACGATGAAGACATTTACGATGGGGAGAGTGAAGATCCGATACTCGAAGCGCGTAAACTCAGAGCCCGTCAGTATTACGACAAAGTGTTAAAGAAAATTATCACCAGTTGGAAAGAGATCAAAGGATCGATCGTTGATCTCGGAACCAAGGTCGTGATCTCCGCTAAACGTCTTTCGGGCAAACTGTTCAGTGCCGAAGGCAAAGCGGTCGTGCTTCGTGGCTTAAACGCGGTGAAATCGGCCGGATTAAAACTTTTTAACTGGTTAGATCCTCTTAACCGATTGAAAGGCATAGGTCAGGGTATTACCAATCGAATAACCCAAATGGATGTTTATCGAGTTGGAGAGGATTCCCCTGTTCTGACAAGGAAGGGTTTTGAGAACGGTAAATACTTCAAACGTTTGAACGGTAGCGTCGTTCCTGTAAAGGGTTGGAGAGATATCGACGGACCGGTGTATGATGAGAACGGCGACGTTATTATTACCCAAGCCGAATACGAGGATGGGCTCATTACATCCGGGGGAATGAAAATAGAATCCCTCAAACGTATGACGGGAGTAATGGGTGGTAAACTTCTTGACCTGGGTAGGAAACTGGGTGATCGAGCTAAAGGCTATGGTAAGCGAGCTGGGGATAAGATCAATGATCTTGTAACCGCGGACTATACGCCTATTACCAATTCGGTCGATCGTATTTACGCTCTGCTTTGCCGTAAGTTTGGTTATGACATTAACGACATGCCGGATATCAAGGCGGATATTGTTAACGAAACAAGTCGAATGGGAAACACAGACGACGTTCGTTTAAACTCCTTAGAAGATAAGGAACGTAAAGCGAAAGCCGAACGTGAATCTCGTTATCAAGACGCCATCATCGATCTTGCCGGCCGTGGAGAAGGAGAGAGAGGTTCCGGTTCTCCCGATGAAGAGAAGAAAGGTGGCGGATTCCTTAATGGTCTCTTGGGTTTCGTTAAGAACCCCATGGGAACTATTTTGGGTGGGGTCGCCGGACTTGGTGTTAAACTCTCCAAATTCTTAACCCTCGGCATTACTACTTTGCCAGCTATTGTAGGTGGATTAACGTCGTTAGCTAAGATCCTCACTGTTGGTCTGTTAGGCCGTAGGGCGTCCGATGGTGTTGATGATATCGTTGATGCCGCAGGAGGAGCTTCAGGGGGACGTAGAGGAAGAAGAACCAGAGGCGGTAGGGTAGGTAGAGGAAGAGCATTTAAATTCGGCTTAGCGGGTTTGGCTACCGCTGGATTAGGAATGTACCTCGACTCTACCAATGAAGAGCACGAAGGCACTAACTGGAAGGATGTAGCGAGCAACACGCTTACTGCAGCTTCGGCGGTATCTTTAGGTTCTAGCGCCATGTCAGCTATGGGGATTAACCTCGGTATCGGATCGGCCATTGCTTCTGGTGCGAGTGCTGCCGGGTCAGCTATTGTATCTGGCACAGGTGCTTTGGCTACCGCCGTCGCTCCTCTGTTATTTAATCCAGTAACGTTGGGGATTGGGGCGGTTGCAGGTGCCGGGTATTTGGTCTATAAGTATTACGCCAAAGGGAAAGGGTCGCAGTTCAAACTTCGTATGGCTCAATATGGTATCAAGGACGTCGAGTCAGATTTAGCCGCTAAGGTGAGATCTGCCGAAGAAGCTTTACGTGAATATGTCGTCGTAACCGCTGGGGTGGCTTCAATAGCCAAATCAGCTCCTCTCGAACAGATATTCCAAAGCTTCATACCTCAAGCCAATGACAAGGGTCAACAGCAGGCTTACTTTACGTGGTTTAATCTTCGTTTCAAACCTATTTTCCTGACTTATGCTTCTGCGATCGATACCGCTGGGTATAGGGATTTTGAGACGTTCGATAAATCGACCGACGCTAAATTGTACTCTACTGTCTCCACCATCAATGACAGAATAGGTACCATCAATCCTTATCCTTATCAGATAGCCGCTCAGTTCGATGAAGCCACGCCTATAATGGGTAAAGACCAAACCATTAATCAGGTTAGGTTGTATTTGGACGAACTGAAAAGCTTTAACGAAAGACACGGAAGAACGGCTGAGGGGATAGAGAAAGAAGGCGTCGTGACCATGAAGACCTCCGCTGAACAGGTTGAAAAATCTGAGAAGGCAGGTTGGTGGTCTAGTCTTAAAATGAGAGTGGGTGGGACGTACGAGGATCGTTCTGATATTGAAGAGATCAATAAACGTTATCCGGTAACAAAATCGGTCATGGAAATCAACATCACCGATCTTTTACC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Genome Context

Genome Context

Tertiary structure

PDB ID
a92d76e2dcd978d50557b7af5a81777bd3c0933f705bf081500e00c3cedb7dc0
ColabFold
Source ColabFold
Method ColabFold
Resolution 0,5000
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
Isolation and identification of R. ornithinolytica phage and its targeted bacteriostatic effect on chilled pigeon meat Feng,S., Zhong,L., Zhou,J., Huang,Y., Sun,Y., Yuan,D. and Liang,W. 2025 — GenBank