Protein

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Genbank accession
QDJ97756.1 [GenBank]
Protein name
putative membrane protein
RBP type
TF
Evidence RBPdetect
Probability 0,83
Protein sequence
MEDKEKNLLQINEEINSIKSKFNSLLQEQDSIKNLSEDNKNRINVLNTNIDSLDKENDNLVEKLRNLDGSHDIDLDLSNYVTLDTLKTELRKYQKLSIDYIDSIAEGGWDSDIKGNLDSLNGRVSSNEESLSIAMSKVNKYESSIQYLSTKVEQTAESIKSIATDYTLNEINDSITKLESFREQTARVLQDTVTRADIDTVNNKVTEFESQISQFADLIEQTVSKSEMDGIVIGGKNLLENSLAVSGNWLLKPDTLNSSNPNALTFGQDSNGKSYFTINTEGIEGQVGAQSYNGFKLEYNETYTISFDFRSDTFNRLDYCYFIDPSGNYSTPIAEKYLDIDEEWHRYSFVYKQTLTGRNNTKLLLGVDTDLNGLSGTFDIARVKVERGSVSSDWTAAPEDYDNMLENYNKTINGKITNIEKNAVGLGDTVTEAFKDGIISNAERIAIDKQKNVIDKDKAEIDKIFNTLYPNKMMANSVKTDLKNKYDLFNEKYNILIQDITNTISDGVATQEEIAQFNTNYLRYNEAQSNIKDAIQKAIDSISNGYAVTEAGKITVGGMNLVSIDNITPIGSVTLTKTSYLEYGELNAALTANGQGIKFKLDKVRNRREHILSFNLEKKTGTLTNVDISIPNSTITNTFVNSVAKGQDSRNITFDDTSALTLIEVVFIPNDSFTVDTLINMVINKNGTFPMSVDIEGLKVEEGNKSTAWQPSIKDSNARITNMESRISQTENNIALSVTKESYNADKTKIEKMGSALSILADGITMSSSSNDKLSTLEVDPNNIKLKSKMVDINDGDVIISNGKATIKEAAITNLMSKNIVVQTMLDAMGEVKGGITIKRPDGGYLVYNGMPRFTTAYVRSEPGVQDLMSNGTPRFKNVGNAFMFSDKTTGSYFRRAMTLYGQHETRWLHIGIWYATPQCGIDIKVDSFNDQNGVFFDKTVSIPKDTSTSVTKTKHKEIIVDMGIPAQSIASIAIRARVKPGQKGNAWILNSYIYGRN
Physico‐chemical
properties
protein length:998 AA
molecular weight: 111082,02770 Da
isoelectric point:4,98338
aromaticity:0,07515
hydropathy:-0,46984

Domains

Domains [InterPro]
Coil
Unmapped
1–28
Coil Coil G3DSA:2.60.120.260 Coil
PTHR18937
Unmapped
1–219
PTHR18937 DC_1272
DC_0899
STR
2–322
DC_0899
IPR008979
STR
269–386
IPR008979
QDJ97756.1
1 998
Architecture
STR
STR 2-750 |
Legend: ATT STR RBD CBM LEC ENZ CHP LNK TAS TTP UNK Unmapped

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Staphylococcus phage PALS_2
[NCBI] 		2591344 Viruses > Duplodnaviria > Heunggongvirae > Uroviricota > Caudoviricetes
Host Staphylococcus aureus
[NCBI] 		1280 cellular organisms > Bacteria > Bacillati > Bacillota > Bacilli > Bacillales

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
QDJ97756.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
MN091626 [NCBI]
CDS location
range 104017 -> 107013
strand -
CDS
ATGGAAGATAAAGAAAAGAATCTTCTTCAAATAAATGAAGAAATAAATTCTATTAAATCGAAATTCAATTCTTTATTACAAGAACAAGATAGCATTAAAAATCTATCAGAAGATAATAAAAATAGAATTAATGTATTAAATACAAATATTGATTCTTTAGATAAAGAAAATGATAATTTAGTAGAAAAATTAAGAAATTTAGATGGTAGTCACGATATTGATTTAGATTTATCTAACTATGTTACACTTGATACATTAAAAACGGAGTTAAGAAAATACCAAAAACTAAGTATTGACTATATTGATAGTATTGCTGAAGGTGGATGGGATTCTGATATTAAAGGTAATCTAGATTCTTTAAATGGAAGAGTTTCATCTAATGAAGAATCTTTATCAATAGCAATGTCTAAAGTTAATAAATATGAATCATCTATACAATATTTAAGTACTAAAGTAGAACAAACTGCAGAATCTATTAAGAGTATAGCTACTGATTATACTCTTAATGAAATTAATGATAGTATTACTAAATTAGAATCATTTAGAGAACAAACAGCTAGAGTTTTACAAGATACAGTCACTAGAGCTGATATAGATACCGTTAATAATAAAGTAACTGAATTTGAAAGTCAAATATCTCAATTTGCAGATTTAATAGAACAAACAGTTTCTAAATCTGAAATGGATGGTATTGTTATTGGTGGTAAAAACTTATTAGAAAATTCTTTAGCAGTTTCAGGTAATTGGTTATTAAAACCAGATACTTTAAATTCATCAAACCCAAATGCTTTAACTTTTGGACAAGACAGTAACGGTAAAAGTTATTTTACAATTAATACTGAAGGAATTGAAGGTCAAGTAGGAGCTCAAAGCTATAATGGATTTAAATTAGAATACAATGAAACTTATACTATTTCATTTGATTTTAGATCAGATACATTTAATAGACTTGATTATTGTTACTTTATTGATCCTTCTGGTAATTATTCTACACCAATTGCTGAAAAGTATTTAGATATTGATGAAGAATGGCATAGATATTCATTTGTATATAAACAAACACTGACTGGAAGAAATAATACTAAATTACTTCTTGGAGTAGACACTGATCTTAATGGTTTAAGTGGTACATTTGATATTGCTAGAGTTAAAGTTGAAAGAGGTAGTGTTTCTTCTGACTGGACAGCAGCTCCTGAAGATTATGACAATATGTTAGAAAACTATAATAAAACTATTAATGGTAAAATAACTAATATTGAAAAGAACGCTGTAGGTTTAGGTGATACGGTTACTGAGGCTTTTAAAGATGGCATTATATCTAATGCTGAAAGAATTGCTATTGATAAACAAAAAAATGTTATTGATAAGGATAAAGCTGAGATAGATAAAATCTTTAATACACTTTATCCTAATAAAATGATGGCTAATTCAGTAAAAACAGATTTAAAAAATAAATATGATTTATTTAATGAAAAATATAATATATTAATACAAGATATTACTAACACTATTAGCGATGGAGTAGCTACTCAAGAAGAAATAGCTCAATTTAACACTAACTACTTGAGATATAATGAAGCTCAATCAAATATTAAAGATGCTATTCAAAAAGCTATTGACAGTATTTCTAATGGTTATGCTGTTACAGAAGCTGGTAAAATTACAGTTGGCGGTATGAACTTAGTTAGTATTGATAATATTACACCAATTGGTTCTGTAACTTTAACTAAAACTAGTTATTTAGAATACGGAGAACTTAATGCGGCTTTAACTGCTAACGGTCAAGGTATTAAATTTAAATTAGATAAAGTTAGAAATAGACGTGAACACATATTAAGTTTTAACTTAGAAAAGAAAACTGGTACATTAACTAATGTAGATATTAGTATACCTAATTCAACTATAACTAATACTTTTGTTAATAGTGTTGCTAAAGGTCAAGATTCACGTAATATTACGTTTGATGATACTTCTGCTTTAACGTTAATAGAAGTAGTATTTATTCCTAATGATTCATTTACAGTTGATACATTAATTAATATGGTTATTAATAAAAATGGAACTTTCCCAATGTCTGTTGATATTGAAGGATTGAAAGTTGAAGAAGGTAACAAGTCTACTGCTTGGCAACCTTCTATTAAAGATAGTAATGCTAGAATTACTAATATGGAAAGTAGAATTAGTCAAACAGAAAATAATATCGCTTTAAGTGTTACTAAAGAATCTTACAATGCTGATAAAACTAAAATAGAAAAAATGGGTTCCGCATTATCTATTTTAGCAGATGGTATTACTATGTCATCTTCTTCTAATGATAAATTATCTACATTGGAAGTTGATCCTAATAATATTAAATTAAAATCCAAAATGGTTGATATCAATGATGGTGATGTAATAATTTCTAATGGTAAAGCTACTATTAAAGAAGCGGCTATTACTAATTTAATGTCTAAAAATATTGTTGTTCAAACAATGTTAGATGCTATGGGAGAAGTTAAGGGTGGTATTACTATTAAACGTCCTGATGGTGGATATCTAGTTTATAACGGTATGCCTCGATTTACTACAGCTTATGTACGTTCAGAACCAGGTGTACAAGATTTGATGTCAAATGGTACTCCAAGATTTAAAAATGTTGGTAATGCATTTATGTTTAGTGATAAGACTACTGGTAGCTACTTTAGACGTGCTATGACATTATACGGACAACATGAAACTAGATGGTTACACATTGGTATATGGTATGCTACTCCACAATGTGGTATAGATATTAAAGTTGATTCATTTAATGATCAAAATGGAGTATTCTTTGATAAAACTGTATCTATACCTAAAGACACATCAACTAGTGTAACTAAGACAAAACATAAAGAGATTATTGTAGATATGGGTATTCCGGCACAATCTATAGCATCTATAGCAATTCGTGCAAGAGTTAAACCAGGACAAAAAGGTAATGCTTGGATTCTTAACTCATATATTTATGGTAGAAACTAA

Genome Context

Genome Context

Tertiary structure

PDB ID
3f1a07fe49efe1f2e4bd5b0c14ebe245cf7191dc9fa7d99cb694978e0ecd695c
ColabFold
Source ColabFold
Method ColabFold
Resolution 0,3255
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
Characterization and Genomic Analysis of PALS2, a Novel Staphylococcus Jumbo Bacteriophage Lee,Y., Son,B., Cha,Y. and Ryu,S. 2021 33763042 GenBank