Protein
View in Explore- Genbank accession
- YP_007675157.1 [GenBank]
- Protein name
- structural protein
- RBP type
-
TSP
- Protein sequence
-
MANRIQLRRDGAQQWANVNPILAQGELGIELDTSRLKIGDGVTPWNSLKYERPLETESNTANTLVKRDADGNFEAGAITASIIGNAATATRLANARSFTLTGDMSGSASFDGSANINITAELNYQPGLPHYDPNNLSATAQYTRLTIDSRGRVTTGDNPTTLAAYGIADAQPADPELQALADMTGFGIIARTGAGTLANRQIAVSAGRLLVSNGTGQNGNPLLDLADTPVVVGTYNGVGNLDTPLVSVTSGDETVNTTNFTVDRYGRLTYAQTSAIATATQGSEVAAFNNGSNYARNDKVKNTSDKLYQAILPINSGGGEPTHTDTSDTGSWRYLGSALAPQKGLASFNQEDFDVTQWDAGSNYEGGFVTIADAGVDNHQLQNSRIGFADGNTVENFDLDQELTAVTGYRGFNYLNYTKVNDTTGNLLVGANNTGNGSSGNQQAVQNVVVTLGTDTVGGQSTGVFYLDGVESPTNFPLKKGIKYIFNQDDSTNETYGGANHPLMVSSGADGDHNGHGHYMMGITYKLDGSVVDMAGYVSGFNAATTRRMEWLVQAEAPASLYYWCHHHTGQGDSFAITEGGAGEFDINVRSYFSHPDITLDGAISQTLDKTGDGDLYFQLTQNTASNRNLNILSTNAGAGNATILIQSENDITINASNVSNRVNVEGFQFQDDTLSSTAATMILDPGDDDAATGKVQIRGDLQVDGTTTTVNSTVVTIDDPIFTLGGDTAPGSDDNKDRGIEFRYYDTQARVGFFGWDEDYADSNIWSGTGGFRFLYNATNTSEVFSGTDAPLIVGNLRLTTNTGSTSTTTGTLVVTGGLGLSENAHIGGTVTIAGQSEVNNNVIFKADNKSFSIQNAAGVNKFSVDYDNGNTVIEGTLDVQLETEITDNLIIKADNKKFDIQTAAGVSVFDVDTDNGNTHTDGTLDVDGGTTLNNTLDVDGATTLNDILDVDGNSTFHNNITLDTTGKNFKITNGSQDKFTVLSTNGNTDIRGTLDVGSAVVFENNFNANGNNVTLGNANTDVLTVNSVATFTDNVTVNGTVDFDTTLNVDGQADFNSTVVIDGQTTIYDSVIIQSDNEVFNINNASAQTQFSVDSDNGNTVIGRNGLGTNSVGLLTVHGDTLLNRDLTVDGNTTIGDANTDTLTVNSESTFNADVTIAGTNNLQVTGNAIVDGNLTVHGTTTTVNSTVVTLDDPIITLGGDTAPGSDDGKDRGVEFRYYSGAAKIGWFGWDNDAGRFALYDDATNSSEVFSGTRSGIDAGSLKLFDTTNATNSSSGALIVGGGAGIGLDLHVGDDLTVVDDASIGGNLDVTGTFDVTDDLAVNNTKFTVDAGTGNTVIQGTVQVDGNATIGNGSGDQHTVTGTVTFNQAITSTDITADNIQIGVSGATEIDTTSGNLILDSQGGTVNVTDDLDVDNNLNVDGNAKVDGTLTVDGNTTIGNASGDSHSVTGTVQFNQAITSTDITADDIKIGVDAANEISTTSGNLVLDSDGGKVHITDNAEIDGTLQVDGNATIGDNSSDQHEFTGTVTFNQAITSTDITADNIRIGVAASSEIDTTSGALTLDSNTGETIIDDNLTINGTLDVDALTVITDALTVKADNKLFSVQTGSAATIFSVDTDNGNTDIQGTLNVEGATTIDDTFNVTQATDLDGTLNVDGVATFQNDVVLNADNKNFKIQLDNGTDKFTVASASGNTDIQGTLDVNGAANVTNTLGVTGLTSLTNNTNPTSLSANAALMVTAGGATIDEDLYVGSDLFLGPNAGTTITLNGGTGNATIGGTLGVTGQTTLTTVSATSLTTSAGVTMDGSLIINTSKFTVAGATGNTAVDGTLDVNGATTITDNLNVTGAVDFDTTLNVDGNSTFSGTITQNSTSLFKDNVVLRGSTKTLKLQNGSGTDKITLNSTSGAATFTGLTTTNTLDVTSNTTIGGTLGVTGQITGDVTGDLTGNADSATLVSVTETASSNLTYYPAFVSSTSGNTEIRTDSTNLSYNPGTNTLTVNNFTSTTDFTVQGNLTITGNIQYNQSQVGSIANHTTDALAEGAGNLYYTEERVDDRVAALISGGTGISATYNDAGNLLTLSADFGEFDTDDVNEGTSNKYHTQARVRNSFTYGTGIEHDGSGGIQVTQADIDTDNVTEGSTNLFTTAARTRGHISVSGDLGYNASTGVLSYTTPTTIASLSNHDTDDVAEGSTNLYYTDERVDDRINALIIAGTGVTKVYDDAANTYTLSVTQADINSDNVTEGSTNLFHTTARARASISATGSLSYNSGTGVISYTTPTTIASLSNHDTDDLAEGSNLYYTDARADARIAAADTGDLSEGSNLYYTDARARASISENSTQLAYNSTTGVLTYTQGDTDTVAEGSSNLYYTDARADARIAAADTDDLSEGSTNLYYTDARADARVSAGITGKLDASAVSTFGGTLIDDADAAAARTTLGLGTAAVAATGDFATAAQGTKADDAAPLASPGLTGTPTAPTAAQATNTTQVATTAFVQSNLTAALLRTALGIVSAANDAGSGLASGEMYFNTTSNTYVLVA
- Physico‐chemical
properties -
protein length: 2538 AA molecular weight: 262606,84260 Da isoelectric point: 4,05003 aromaticity: 0,06068 hydropathy: -0,24984
Domains
Domains [InterPro]
DC_1329
ATT
1–306
ATT
1–306
SSF69349
STR
4–141
STR
4–141
IPR041352
ATT
5–43
ATT
5–43
1
2538
Architecture
ATT 1-306 | STR 322-948 | STR 1076-1412 | STR 2290-2535 |
Legend:
ATT
STR
RBD
CBM
LEC
ENZ
CHP
LNK
TAS
TTP
UNK
Unmapped
Tail Spike Domain Segmentation
Tail Spike Domain Segmentation
This protein has been segmented into three structural domains: N-terminal, central domain, and C-terminal.
Domain Layout
1
2538
| Domain | Start | End | Length (AA) | Confidence |
|---|---|---|---|---|
| N-terminal | 1 | 1707 | 1707 | 0,6097 |
| Central domain | 1708 | 1908 | 202 | 0,4021 |
| C-terminal | 1909 | 2538 | 629 | 0,1991 |
Note: Constraints were applied during segmentation.
Fixed 177 C-terminal predictions appearing before Central domain
Fixed 177 C-terminal predictions appearing before Central domain
Legend:
N-terminal
Central domain
C-terminal
3D Structure with Domain Coloring
The structure is colored according to the domain segmentation: N-terminal (blue), Central (green), C-terminal (pink).
Domain Coloring
N-terminal
1-1707
1-1707
Central
1708-1908
1708-1908
C-terminal
1909-2538
1909-2538
Taxonomy
| Name | Taxonomy ID | Lineage | |
|---|---|---|---|
| Phage |
Cyanophage P-RSM6 [NCBI] |
929832 | Viruses > Duplodnaviria > Heunggongvirae > Uroviricota > Caudoviricetes |
| Host |
Prochlorococcus marinus str. NATL2A [NCBI] |
59920 | Bacteria > Cyanobacteria > Prochlorales > Prochlorococcaceae > Prochlorococcus > |
Coding sequence (CDS)
Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
YP_007675157.1
[NCBI]
Genbank nucleotide accession
NC_020855
[NCBI]
CDS location
range 81832 -> 89448
strand -
strand -
CDS
ATGGCAAATAGAATACAATTAAGACGTGACGGAGCACAGCAGTGGGCTAACGTCAACCCAATACTTGCTCAGGGTGAGTTAGGTATCGAACTTGATACTTCTCGACTGAAGATAGGAGATGGTGTAACTCCATGGAACTCACTTAAGTACGAACGTCCTTTAGAAACAGAAAGTAATACTGCTAATACCCTTGTTAAGAGAGATGCCGACGGTAACTTTGAGGCAGGTGCCATTACTGCGTCAATTATCGGTAACGCTGCTACTGCTACGAGACTTGCTAACGCTAGATCATTCACCCTAACAGGTGACATGTCAGGATCTGCATCCTTTGACGGATCTGCAAACATCAACATCACTGCTGAACTAAACTATCAACCAGGTCTCCCACACTACGACCCTAATAATCTATCTGCCACTGCACAATACACTCGTCTGACTATTGACTCTCGTGGTCGTGTTACTACTGGTGACAATCCCACGACTCTTGCTGCTTATGGTATTGCTGATGCTCAACCTGCTGACCCAGAATTGCAAGCATTAGCAGACATGACTGGTTTCGGTATCATTGCAAGAACTGGAGCTGGTACATTAGCAAATAGACAGATTGCTGTATCTGCAGGTAGACTTTTAGTATCCAACGGTACTGGACAAAATGGAAACCCTCTACTCGACCTTGCTGATACTCCTGTTGTTGTTGGTACTTATAATGGTGTAGGTAACTTAGATACTCCATTAGTCTCTGTGACCAGTGGTGATGAGACTGTTAACACAACCAACTTCACGGTTGATAGATATGGTCGTCTTACCTATGCACAGACTTCTGCTATTGCCACTGCAACACAAGGTAGTGAGGTAGCAGCATTTAATAATGGATCGAATTATGCACGAAACGACAAGGTTAAGAATACGTCTGATAAGTTGTATCAGGCTATCCTTCCTATTAACTCTGGGGGCGGTGAGCCTACACACACGGACACCAGTGATACAGGATCTTGGAGATATCTCGGATCTGCTCTAGCACCTCAGAAAGGTCTAGCATCATTTAACCAAGAAGATTTTGATGTAACACAATGGGATGCAGGTAGTAACTATGAAGGTGGTTTTGTAACCATTGCAGACGCAGGTGTTGACAATCATCAATTACAGAACTCTCGTATAGGTTTTGCTGATGGTAATACAGTAGAGAACTTTGATCTTGATCAGGAATTAACTGCTGTTACTGGTTACAGAGGATTTAATTACCTTAACTATACAAAGGTAAACGATACAACTGGAAATTTATTAGTAGGTGCTAACAATACTGGTAATGGTTCTAGTGGTAATCAACAAGCAGTACAGAACGTTGTTGTCACACTCGGTACAGATACAGTAGGTGGACAATCAACAGGTGTATTTTACTTAGATGGTGTAGAAAGTCCTACAAACTTCCCACTTAAGAAAGGTATTAAGTATATCTTTAATCAAGATGATTCTACCAATGAAACATATGGTGGTGCAAATCATCCTTTAATGGTTAGTTCAGGTGCTGACGGTGATCACAATGGTCATGGTCATTACATGATGGGTATCACCTATAAGTTAGATGGTTCTGTTGTTGATATGGCAGGGTATGTTAGCGGATTTAATGCTGCTACTACTCGTAGAATGGAATGGTTGGTGCAAGCAGAAGCACCTGCTAGTCTTTACTATTGGTGTCATCATCACACAGGTCAAGGTGATAGTTTTGCTATTACTGAAGGCGGTGCAGGTGAATTTGACATTAACGTAAGATCATACTTCAGTCATCCTGATATCACTTTAGATGGTGCTATATCTCAGACACTTGATAAGACTGGTGATGGAGATCTATATTTCCAACTTACTCAAAACACTGCATCAAATAGAAACTTAAACATTCTTTCTACTAACGCAGGAGCTGGTAATGCTACCATTCTCATACAATCTGAGAATGATATTACAATCAATGCTAGTAACGTTTCTAATAGAGTAAACGTAGAAGGTTTCCAATTCCAAGATGATACTCTAAGTAGCACTGCTGCTACTATGATATTGGATCCAGGTGATGACGATGCTGCAACTGGTAAGGTTCAGATTCGTGGAGATCTACAGGTAGATGGTACAACGACCACGGTAAATTCTACTGTTGTTACCATTGATGATCCTATATTCACACTGGGTGGTGATACTGCTCCAGGTTCAGACGATAATAAAGACCGTGGTATAGAATTTAGATATTATGACACACAAGCAAGAGTCGGGTTCTTTGGGTGGGACGAAGATTATGCAGACTCTAACATATGGTCTGGCACTGGCGGGTTTAGGTTCCTCTACAACGCCACTAACACCTCTGAAGTTTTCTCTGGTACTGACGCTCCTCTCATTGTTGGTAACCTCAGGCTCACAACCAACACAGGATCAACCTCAACCACGACGGGTACGTTGGTGGTCACGGGGGGATTAGGTCTTTCTGAGAACGCACATATTGGTGGAACTGTTACTATTGCAGGACAGTCAGAAGTTAATAATAATGTAATCTTTAAGGCAGACAATAAGTCATTTAGTATACAGAACGCAGCTGGTGTAAATAAATTCTCTGTTGACTATGACAATGGTAATACAGTAATAGAAGGTACATTAGATGTTCAGTTAGAAACTGAAATTACTGATAACCTTATTATAAAAGCAGATAATAAAAAGTTTGATATCCAAACTGCTGCAGGTGTCAGTGTATTTGATGTAGATACTGACAACGGAAATACCCACACAGATGGTACTCTTGATGTAGATGGTGGGACAACCTTAAACAATACATTAGATGTTGATGGTGCTACAACCCTCAATGACATTCTTGATGTTGATGGCAACTCAACATTCCATAATAATATTACTCTTGATACAACTGGTAAGAACTTTAAGATCACTAATGGATCTCAGGATAAGTTTACAGTACTATCAACCAATGGTAATACAGATATTAGAGGAACCTTAGATGTAGGTTCTGCAGTCGTATTCGAAAATAACTTTAATGCAAACGGTAATAACGTTACTCTTGGTAATGCAAATACTGATGTGCTTACTGTTAATTCAGTTGCAACATTCACTGATAATGTCACAGTCAATGGTACAGTTGATTTCGACACTACACTTAATGTAGATGGTCAAGCAGACTTTAATAGCACTGTAGTTATAGATGGGCAAACTACAATCTATGATTCAGTAATTATTCAGTCTGATAACGAAGTATTTAATATTAATAACGCTAGTGCCCAGACACAATTCTCTGTCGATTCTGACAATGGTAACACTGTCATTGGTAGAAATGGTCTAGGTACTAACTCAGTAGGTCTCTTAACAGTTCACGGAGACACTCTACTAAACCGTGATTTGACTGTTGATGGAAACACCACTATAGGTGATGCTAACACAGATACACTAACTGTCAACTCTGAGTCAACATTTAATGCAGATGTAACAATCGCAGGTACTAATAACCTCCAAGTTACTGGTAACGCAATCGTTGATGGAAACCTCACAGTTCATGGAACTACAACCACAGTCAATTCTACTGTAGTTACATTAGATGATCCTATCATTACATTGGGTGGTGACACTGCTCCTGGTTCTGATGATGGTAAGGATCGTGGTGTGGAGTTCAGATATTATAGTGGTGCTGCTAAGATAGGTTGGTTTGGTTGGGATAATGATGCAGGTAGATTTGCATTATATGATGATGCAACAAACTCTTCTGAAGTATTTTCAGGAACAAGATCTGGTATTGATGCAGGTAGCCTAAAACTATTTGATACAACTAATGCTACAAACTCATCTTCAGGTGCTTTAATCGTTGGTGGTGGTGCAGGTATAGGTTTAGACTTACATGTTGGTGATGATTTAACAGTTGTTGATGACGCTTCTATTGGTGGTAACTTAGATGTCACAGGAACATTTGATGTAACTGATGACTTAGCTGTTAACAATACTAAATTTACTGTTGATGCAGGAACTGGTAATACAGTCATTCAGGGAACTGTTCAGGTAGATGGTAATGCTACTATTGGTAATGGATCTGGGGATCAGCATACTGTTACTGGTACAGTAACCTTTAACCAAGCAATAACTTCTACAGATATCACTGCTGATAACATTCAGATCGGTGTATCTGGTGCAACAGAAATTGATACAACCTCTGGAAATCTAATTTTAGATTCACAAGGTGGTACTGTTAATGTCACAGACGATTTAGATGTTGACAATAACCTTAATGTTGATGGAAATGCTAAGGTTGATGGCACCCTTACAGTTGATGGGAATACTACTATCGGTAACGCATCTGGAGATTCACACTCTGTTACTGGTACTGTTCAGTTTAACCAAGCAATAACTTCTACAGACATCACTGCTGATGACATTAAGATTGGTGTTGATGCTGCTAATGAAATTAGCACTACTTCTGGAAATCTAGTATTAGATTCTGATGGTGGTAAAGTTCATATCACAGATAATGCTGAGATAGATGGAACTCTACAAGTAGATGGCAATGCTACTATCGGTGATAACTCTAGTGATCAACATGAATTTACTGGTACTGTAACATTTAATCAGGCAATCACTTCTACAGATATTACTGCTGACAACATCAGAATTGGTGTTGCTGCTTCATCTGAAATTGATACAACCTCTGGTGCTCTTACCTTAGATTCTAATACTGGTGAGACTATTATTGATGATAATTTAACTATCAACGGAACATTAGATGTTGATGCGTTAACAGTTATTACTGATGCTCTAACAGTTAAGGCAGACAATAAATTATTCTCTGTACAGACTGGATCTGCTGCTACTATCTTCAGTGTTGATACTGACAACGGTAACACTGATATACAGGGTACTCTTAATGTAGAGGGTGCGACAACTATTGACGATACATTTAATGTCACTCAGGCAACTGATTTGGATGGCACTCTAAATGTTGATGGTGTTGCTACTTTCCAAAACGATGT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Genome Context
Genome Context
Tertiary structure
PDB ID
d92f460caf126a961155404d24994e40044488c451f9d64e7c02c1961a445867
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50
pLDDT < 50
Literature
| Title | Authors | Date | PMID | Source |
|---|---|---|---|---|
| The Genome Sequence of Cyanophage P-RSM6 | Henn,M.R., Sullivan,M.S., Osburne,M.S., Levin,J., Malboeuf,C., Casali,M., Russ,C., Lennon,N., Chapman,S.B., Erlich,R., Young,S.K., Yandava,C., Zeng,Q., Alvarado,L., Anderson,S., Berlin,A., Chen,Z., Freedman,E., Gellesch,M., Goldberg,J., Green,L., Griggs,A., Gujja,S., Heilman,E.R., Heiman,D., Hollinger,A., Howarth,C., Larson,L., Mehta,T., Pearson,M., Roberts,A., Ryan,E., Saif,S., Shea,T., Shenoy,N., Sisk,P., Stolte,C., Sykes,S., White,J., Yu,Q., Coleman,M.L., Huang,K.H., Weigele,P.R., DeFrancesco,A.S., Kern,S.E., Thompson,L.R., Fu,R., Hombeck,B., Chisholm,S.W., Haas,B., Nusbaum,C. and Birren,B. | 2011-09-23 | — | GenBank |