Protein

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Genbank accession
YP_009200508.1 [GenBank]
Protein name
tail fiber protein proximal subunit
RBP type
TF
Evidence UniProt/TrEMBL
Probability 1,00
TSP
Evidence RBPdetect
Probability 0,57
TF
Evidence RBPdetect2
Probability 0,85
Protein sequence
MADLIKASFRATNGLDAAGEKVINVATADKTKLTDGVNVDFFFKENTIQLYDTTRGYDSGFAIIYNNRLWVSNRIIPEPAGAFQETFWTAIRTDPKWTYVDVGPVTMQSGDYISANTSVNDLVLTLPNTPNDGETIFVRDVGGNLGYKSLKINTSNQRINFRNSQITSFTATRPYSQLMFVFSNRLWQLYVGENESIGTIITPSTGMFRSQAGDIIIRRYTTSAPCQIGLPKNAVTGDIIRTIDLDGLSPQNHLIVTTFDNTSSIGTIGTHSAEFRTAGDGFLVYDASDSIWRVYDADLRTRISVVTETTDLSPNQSVIVFGDNNATSKDITLNLPTDVAFGDTVEICLSYIRHGQTVTIKANAPDLIASTKLLLQFPRRSDYPPDVSWYTSEELIFNGYDDYAPTLELAFLQDPITLDKYWVVSENIPTIERVDATNNTTRKRLGVIALASQEQANVDLENNPEKSLAITPELLANRTSTESRRGIARLASTAEVNQDSTSTFLDTVIVTPKKLNERTATETRRGLAEIATQAETNTGTDDTTIVTPKKFAARKATTSMDGIITLVSSGAIAASDRDNPGTLVYNYNDTVKAITPATLHEARATKTTLGQLYQATETEVISAPVDNPLVPLAVSPEMLHKKTATTTRIGFTQTATQAEVNAGTDNFKYVTPNTLNGRNASEILTGIAKISTQNEFDAGLLDNVISTPLKIAAHFSDVNRTEVISSSGLTQSGNLWNHYTLNILEATNVQRGTARLATQSEVDAGVEAKSIVTAATLSSKKATETTEGIIRVATQAESVAGTSSILAISPKNLKYIAQTESTWESTPLRRGFVKMTEGALTWVGNNTVGNTQDVELYAKNGYAISPYELNLTLSHYLPIEATAVNSTKFDNLASTQFIRRDINQTVDGILTLTKQLNTSAPVLSSSTGTFVDVVGTNTVNAGNSLGTASISIIGKANNWKFNAVADGTTLLVNDVLTLNQNGNASVKQTFNIGNRADSVNGYSVGGVVVLQNNALTTEVGNIVRPLVLKSPDASNIIADDGTQYKVLTEKNAVSLIGTSFVKKIGDTMTGRLTVNSAITVQLSEASISVIPTETTRGMWTAEVTTPAQYNLLPGYAVPVFGTNQDGSDNAIIVSYNLIKGPGTLAQFGVGTNYSYQVWNPRPTAIVPNHFARTQWIRNFNPLINGWDEWARVFTSQTPPTASDIGAVSSTGSAFNNMTVRDWLQIGNVRITPNVATRTVEFDWID
Physico‐chemical
properties
protein length:1245 AA
molecular weight: 134958,32190 Da
isoelectric point:5,14429
aromaticity:0,07470
hydropathy:-0,18948

Domains

Domains [InterPro]
DC_1986
ATT
37–139
DC_1986 DC_1209
IPR048391
ATT
1091–1193
IPR048391
YP_009200508.1
1 1245
Architecture
ATT
STR
ATT
STR
ATT 37-139 | STR 343-1090 | ATT 1091-1193 | STR 1194-1229 |
Legend: ATT STR RBD CBM LEC ENZ CHP LNK TAS TTP UNK Unmapped

Tail Spike Domain Segmentation

Tail Spike Domain Segmentation

This protein has been segmented into three structural domains: N-terminal, central domain, and C-terminal.

Domain Layout
N-terminal
Central
C-terminal
YP_009200508.1
1 1245
Domain Start End Length (AA) Confidence
N-terminal 1 979 979 0,8833
Central domain 980 1178 200 0,1530
C-terminal 1179 1245 66 0,2729
Legend: N-terminal Central domain C-terminal
3D Structure with Domain Coloring

The structure is colored according to the domain segmentation: N-terminal (blue), Central (green), C-terminal (pink).

Domain Coloring
N-terminal
1-979
Central
980-1178
C-terminal
1179-1245

Taxonomy

  Name Taxonomy ID Lineage
Phage Yersinia phage vB_YenM_TG1
[NCBI] 		1589265 Uroviricota > Caudoviricetes > Pantevenvirales > Tevenvirinae > Tegunavirus
Host Yersinia enterocolitica
[NCBI] 		630 cellular organisms > Bacteria > Pseudomonadati > Pseudomonadota > Gammaproteobacteria > Enterobacterales

Coding sequence (CDS)

Coding sequence (CDS)
Genbank protein accession
YP_009200508.1 [NCBI]
Genbank nucleotide accession
NC_028820 [NCBI]
CDS location
range 148062 -> 151799
strand +
CDS
ATGGCTGATTTGATAAAAGCCAGTTTTCGAGCTACAAATGGTCTCGATGCAGCTGGTGAAAAAGTAATTAACGTGGCAACAGCCGATAAGACCAAATTAACTGATGGCGTTAACGTTGATTTCTTCTTTAAAGAAAATACTATTCAACTTTATGATACAACTCGTGGATATGATTCAGGATTTGCTATCATTTATAATAACCGTTTATGGGTTTCTAACCGTATTATTCCTGAACCTGCTGGTGCCTTCCAGGAAACTTTTTGGACTGCTATAAGAACAGACCCAAAATGGACTTATGTTGATGTAGGTCCTGTTACAATGCAATCGGGTGATTATATTAGTGCAAATACCTCAGTTAATGATTTAGTATTAACTTTGCCTAATACGCCAAATGATGGGGAAACAATTTTTGTTCGAGATGTTGGCGGTAATTTAGGATATAAATCACTAAAAATTAATACATCTAACCAACGAATCAATTTCCGTAATAGCCAAATAACATCATTTACCGCAACTCGCCCTTATTCACAATTGATGTTTGTTTTCAGTAATAGATTATGGCAGCTTTATGTCGGTGAAAATGAATCGATTGGAACAATTATCACTCCTTCAACAGGAATGTTTCGTTCTCAAGCCGGTGATATAATTATTCGTCGTTACACAACGAGTGCGCCATGTCAGATAGGTTTGCCAAAGAATGCTGTAACAGGTGATATAATTCGTACAATAGATTTAGATGGATTAAGCCCTCAAAACCATTTAATTGTTACTACATTTGACAATACATCATCTATAGGAACAATTGGAACTCATAGCGCTGAATTCAGAACAGCCGGCGACGGTTTCTTAGTATATGATGCTTCTGATTCTATCTGGCGTGTATATGATGCAGATTTAAGAACACGCATCAGTGTAGTAACTGAAACTACTGATTTATCTCCGAACCAATCAGTTATAGTTTTTGGCGATAATAATGCTACATCTAAAGATATAACATTAAATCTTCCAACTGATGTTGCCTTTGGCGATACAGTTGAAATTTGTTTAAGTTATATTCGCCATGGACAAACTGTTACTATTAAGGCTAATGCTCCTGATTTAATAGCTTCTACTAAATTATTACTTCAGTTCCCACGTCGTTCAGATTATCCACCAGATGTTAGTTGGTATACTTCTGAAGAATTGATATTCAATGGGTATGATGATTATGCTCCGACTTTAGAATTAGCTTTCTTACAAGACCCTATTACTTTAGATAAGTATTGGGTAGTTTCAGAAAATATTCCTACAATTGAACGTGTTGATGCTACTAATAATACAACACGTAAACGTTTAGGTGTTATTGCACTAGCTTCTCAAGAACAAGCAAACGTTGATTTAGAAAATAACCCAGAAAAATCTTTGGCTATTACACCTGAATTGTTAGCTAATAGAACTTCGACTGAATCTCGACGTGGTATTGCTCGTTTAGCATCTACCGCTGAAGTTAACCAAGATTCTACTTCTACTTTCTTAGATACAGTTATTGTTACGCCTAAGAAATTAAATGAAAGAACCGCAACTGAAACACGTCGTGGTTTGGCTGAAATCGCTACGCAAGCAGAAACAAATACTGGAACTGACGATACAACAATTGTAACTCCTAAAAAATTTGCTGCTCGTAAAGCGACAACTTCTATGGATGGTATTATTACATTAGTTAGTTCAGGCGCTATTGCTGCTTCTGATCGTGATAATCCAGGTACATTAGTTTATAATTATAACGATACTGTTAAAGCTATCACTCCAGCTACGCTTCACGAAGCGCGTGCAACGAAAACTACTTTAGGCCAATTGTATCAAGCAACTGAAACTGAAGTTATAAGCGCTCCAGTAGATAATCCACTAGTTCCATTAGCGGTTTCTCCTGAAATGCTTCATAAGAAAACTGCAACTACAACTCGTATTGGTTTTACTCAAACCGCTACTCAAGCTGAAGTTAATGCAGGAACTGATAATTTTAAGTATGTTACTCCAAATACTTTGAATGGCCGAAATGCCTCAGAGATATTAACCGGTATTGCTAAAATTTCTACACAGAATGAATTTGATGCAGGTTTATTAGATAATGTTATTTCAACTCCGTTGAAAATTGCTGCGCATTTCTCAGATGTTAACCGTACTGAAGTAATATCATCTTCCGGCCTGACCCAAAGTGGAAATCTCTGGAACCATTATACACTGAATATTCTTGAAGCAACAAATGTTCAACGTGGCACGGCAAGATTAGCTACACAATCAGAAGTTGACGCAGGCGTAGAAGCTAAATCTATTGTAACAGCAGCTACTTTGTCAAGTAAAAAAGCGACTGAAACCACCGAAGGTATAATTCGTGTGGCAACACAAGCTGAATCGGTTGCAGGCACTTCAAGTATATTAGCGATTTCTCCTAAGAACTTGAAATATATTGCTCAAACAGAATCTACTTGGGAATCAACTCCACTTCGTCGCGGTTTTGTTAAAATGACTGAAGGCGCTTTAACATGGGTTGGTAATAATACTGTAGGTAATACTCAAGATGTAGAATTATATGCAAAAAATGGTTACGCTATTTCACCGTATGAATTGAACTTGACTTTATCTCATTATTTACCTATTGAAGCTACAGCTGTCAATAGTACTAAATTTGATAACCTAGCCTCCACTCAGTTCATACGTAGGGACATTAATCAAACAGTTGATGGAATACTAACCCTTACTAAACAATTGAATACGAGTGCTCCTGTGCTCTCCAGTTCAACTGGTACTTTTGTTGATGTTGTTGGAACTAACACAGTTAATGCTGGTAATTCTTTAGGCACTGCTTCTATTTCTATTATTGGCAAAGCCAATAATTGGAAATTTAATGCTGTTGCCGATGGCACAACTTTATTGGTCAATGACGTATTAACTTTGAATCAAAATGGTAATGCTTCTGTCAAGCAAACATTTAATATTGGCAACCGTGCAGATTCAGTTAATGGCTATTCTGTTGGTGGTGTTGTTGTCTTGCAGAATAATGCTTTAACTACTGAAGTTGGTAACATTGTTCGTCCATTAGTATTGAAATCTCCCGATGCAAGTAATATTATAGCTGACGACGGAACTCAATATAAAGTATTAACAGAAAAAAATGCTGTTTCCTTAATTGGCACTTCATTTGTTAAAAAAATTGGCGATACTATGACAGGACGTTTAACTGTTAATAGTGCAATAACTGTTCAGTTATCAGAAGCTTCTATAAGTGTTATTCCTACTGAAACCACACGAGGTATGTGGACTGCTGAAGTTACTACGCCGGCACAATATAATTTACTTCCTGGCTATGCTGTTCCGGTATTTGGAACCAATCAAGATGGCAGCGATAATGCTATTATTGTAAGTTATAATCTGATTAAAGGCCCTGGTACATTAGCACAGTTTGGTGTTGGAACTAATTATTCATACCAAGTATGGAACCCACGTCCAACTGCCATTGTTCCTAACCACTTTGCTCGTACTCAATGGATAAGAAACTTTAACCCGTTGATTAATGGCTGGGATGAATGGGCCCGTGTATTTACAAGTCAAACACCTCCTACTGCTTCTGATATTGGTGCTGTATCTTCTACAGGTTCTGCATTTAACAACATGACAGTTAGAGATTGGCTACAGATTGGTAATGTTCGTATTACTCCTAATGTAGCAACGCGTACTGTTGAATTTGATTGGATTGATTAA

Genome Context

Genome Context

Tertiary structure

PDB ID
fa9c473946f260d85ab90208131303642c356794d8e38a3b3e4b482c4cb03b5c
ESMFold
Source ESMFold
Method ESMFold
Resolution 0,5751
Oligomeric State monomer
Download PDB
Model Confidence
Very high
pLDDT > 90
High
90 > pLDDT > 70
Low
70 > pLDDT > 50
Very low
pLDDT < 50

Literature

Title Authors Date PMID Source
Complete genome sequence of vB_YenM_TG1, a broad host range bacteriophage which infects Yersinia enterocolitica Leon-Velarde,C.G., Kropinski,A.M., Chen,S., Griffiths,M.W. and Odumeru,J.A. 2014-10-28 — GenBank